More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0441 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
266 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  95.86 
 
 
266 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  95.86 
 
 
266 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  95.86 
 
 
266 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  87.55 
 
 
265 aa  484  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  83.83 
 
 
266 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  83.46 
 
 
266 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  54.21 
 
 
273 aa  315  4e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  57.55 
 
 
273 aa  311  4.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  55 
 
 
272 aa  300  2e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  52.65 
 
 
272 aa  293  1e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  50.94 
 
 
271 aa  282  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  49.44 
 
 
268 aa  279  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  47.94 
 
 
266 aa  262  4e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  38.98 
 
 
278 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  38.68 
 
 
270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 
273 aa  176  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  36.1 
 
 
261 aa  172  5e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  35.42 
 
 
288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  36.74 
 
 
268 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  33.84 
 
 
272 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.08 
 
 
272 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  38.56 
 
 
257 aa  151  8e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.87 
 
 
278 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 
250 aa  145  5e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37 
 
 
269 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  34.44 
 
 
246 aa  140  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
276 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 
246 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 
260 aa  135  5e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32.16 
 
 
265 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 
247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  31.95 
 
 
262 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
264 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.59 
 
 
513 aa  128  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 
260 aa  128  9.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  31.6 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  30.83 
 
 
281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  34.57 
 
 
278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  35.71 
 
 
246 aa  126  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.63 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.64 
 
 
266 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  31.13 
 
 
266 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  35.9 
 
 
256 aa  125  8.000000000000001e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  35.9 
 
 
256 aa  125  8.000000000000001e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
266 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  31.95 
 
 
265 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.59 
 
 
266 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.59 
 
 
266 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.59 
 
 
266 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.59 
 
 
266 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  31.75 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.45 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  30.34 
 
 
501 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.11 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1196  amino acid-binding protein  34.8 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.166337  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5997  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.502118  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  30.95 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 
284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 
264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2763  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 
248 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219891  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  32.02 
 
 
264 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  29.62 
 
 
271 aa  117  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.2 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.02 
 
 
266 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  29.8 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  30.71 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 
277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  29.02 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
283 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  32.59 
 
 
264 aa  116  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.74 
 
 
266 aa  116  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  31.58 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  31.58 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.82 
 
 
257 aa  116  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.82 
 
 
257 aa  116  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 
257 aa  115  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  31.7 
 
 
254 aa  115  6e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 
281 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>