More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0236 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 266 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  73.22 
 
 		 262 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  31.3 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  30.92 
 
 		 266 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  32.78 
 
 		 273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  34.1 
 
 		 273 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  33.88 
 
 		 272 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  32.64 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 265 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 266 aa  131  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.68 
 
 		 266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  32.2 
 
 		 266 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  32.13 
 
 		 268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.71 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  29.22 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  29.03 
 
 		 278 aa  107  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.46 
 
 		 278 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  27.17 
 
 		 270 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 250 aa  99.4  5e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  28.1 
 
 		 288 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 273 aa  99  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 261 aa  98.6  8e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  31.7 
 
 		 246 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 258 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.22 
 
 		 264 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 		 247 aa  97.1  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  29.91 
 
 		 265 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  29.88 
 
 		 264 aa  96.3  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  27.02 
 
 		 263 aa  95.9  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  29.78 
 
 		 264 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  29.78 
 
 		 264 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 276 aa  95.5  8e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1517  ABC transporter extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 275 aa  95.1  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0341163  normal  0.209417 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  30.41 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 277 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.22 
 
 		 264 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.95 
 
 		 281 aa  93.2  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 266 aa  92.4  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  29.55 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  30.23 
 
 		 243 aa  92  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  29.55 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  30.23 
 
 		 243 aa  92  8e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  29.55 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  28.68 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  29.09 
 
 		 261 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  91.3  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  29.09 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  29.09 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  29.09 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.23 
 
 		 285 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  28.45 
 
 		 260 aa  91.3  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.23 
 
 		 243 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  27.82 
 
 		 266 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  27.34 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.23 
 
 		 266 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  31.9 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  28.63 
 
 		 266 aa  90.5  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  27.82 
 
 		 266 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.28 
 
 		 266 aa  90.1  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 268 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  28.69 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 		 279 aa  90.1  3e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.53 
 
 		 513 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  27.94 
 
 		 264 aa  89.7  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  29.47 
 
 		 270 aa  89.4  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.25 
 
 		 256 aa  89  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  29.43 
 
 		 263 aa  89  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 271 aa  89  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 276 aa  88.6  9e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.05 
 
 		 269 aa  87.8  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  26.61 
 
 		 266 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  32.18 
 
 		 278 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 		 267 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  31.33 
 
 		 247 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  27.17 
 
 		 260 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  28.36 
 
 		 265 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  28.95 
 
 		 266 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 268 aa  87  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 260 aa  87.8  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  28.42 
 
 		 270 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>