More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4927 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 266 aa  535  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  46.44 
 
 		 269 aa  249  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  49.16 
 
 		 266 aa  228  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  47.41 
 
 		 255 aa  216  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  44.7 
 
 		 267 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 		 265 aa  191  8e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  40.41 
 
 		 263 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  41.08 
 
 		 268 aa  185  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 		 266 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  40.93 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  39.62 
 
 		 260 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  38.17 
 
 		 268 aa  165  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  40.16 
 
 		 273 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.91 
 
 		 267 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  39.23 
 
 		 275 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  38.49 
 
 		 267 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  37.12 
 
 		 268 aa  155  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  37.36 
 
 		 265 aa  155  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  36.25 
 
 		 268 aa  152  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  33.88 
 
 		 265 aa  152  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  36.67 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  39.58 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  36.67 
 
 		 275 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  36.25 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.76 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  35.29 
 
 		 268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 		 263 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  37.69 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.83 
 
 		 267 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  34.18 
 
 		 240 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  37.61 
 
 		 268 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  38.82 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  37.61 
 
 		 247 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  37.61 
 
 		 268 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  34.6 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  34.1 
 
 		 263 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.23 
 
 		 262 aa  142  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.23 
 
 		 262 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 262 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  37.4 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  33.6 
 
 		 260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  34.92 
 
 		 274 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  35.57 
 
 		 274 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  35.98 
 
 		 269 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.18 
 
 		 274 aa  131  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  34.75 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  35.78 
 
 		 261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  34.41 
 
 		 279 aa  129  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  34.54 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  34.54 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  34.24 
 
 		 271 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.72 
 
 		 271 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 260 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  30.93 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 271 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 271 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  34.78 
 
 		 268 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 271 aa  122  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  32.64 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  34.52 
 
 		 268 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 		 271 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.71 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  32.49 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.98 
 
 		 274 aa  118  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  30.83 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 		 281 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.55 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.19 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  34.19 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.19 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 		 271 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  30.89 
 
 		 276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.95 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  32.95 
 
 		 286 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 		 265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  30.61 
 
 		 276 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  32.07 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  30.57 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.96 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 277 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.71 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 278 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 271 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>