More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2512 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  100 
 
 		 267 aa  555  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  87.78 
 
 		 270 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  84.5 
 
 		 271 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  64.82 
 
 		 268 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19140  cyclohexadienyl dehydratase precursor  66.53 
 
 		 268 aa  340  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  61.75 
 
 		 263 aa  328  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0111  prephenate dehydratase  58.33 
 
 		 258 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.669855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  55.21 
 
 		 260 aa  298  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0109  arogenate dehydratase  60.94 
 
 		 270 aa  298  6e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  59.75 
 
 		 270 aa  298  7e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  56.64 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  56.64 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  56.64 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  56.64 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  56.64 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  56.64 
 
 		 261 aa  295  6e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  59.23 
 
 		 266 aa  295  7e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  56.64 
 
 		 261 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  56.37 
 
 		 264 aa  294  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  58.8 
 
 		 270 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  58.8 
 
 		 270 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  58.8 
 
 		 270 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  58.4 
 
 		 265 aa  291  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  55.56 
 
 		 265 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  59.91 
 
 		 256 aa  284  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  52.79 
 
 		 273 aa  257  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4767  Prephenate dehydratase  47.62 
 
 		 266 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678819  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  48.46 
 
 		 284 aa  248  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  48.3 
 
 		 263 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1335  cyclohexadienyl dehydratase, putative  47.69 
 
 		 263 aa  239  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  48.74 
 
 		 255 aa  239  5e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0738  Prephenate dehydratase  45.6 
 
 		 255 aa  238  8e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  47.1 
 
 		 256 aa  235  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4447  arogenate dehydratase  46.22 
 
 		 255 aa  232  6e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.393788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3744  chorismate mutase, putative  45.65 
 
 		 421 aa  225  7e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117732  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4388  extracellular solute-binding protein family 3  49.38 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2737  arogenate dehydratase  48.2 
 
 		 256 aa  203  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2470  cyclohexadienyl dehydratase  38.4 
 
 		 260 aa  162  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00435864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  39.37 
 
 		 253 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3412  arogenate dehydratase  36.86 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0941  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.44 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3279  polar amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.44 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0714  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.45 
 
 		 256 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0236853 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  33.07 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  34.14 
 
 		 258 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  31.35 
 
 		 272 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  30.23 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  28.91 
 
 		 266 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  28.91 
 
 		 266 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32.46 
 
 		 265 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  29.55 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  30.7 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 269 aa  109  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  31.46 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  31.46 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  31.46 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  29.53 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.62 
 
 		 272 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  28.25 
 
 		 272 aa  106  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 265 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  26.52 
 
 		 270 aa  106  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.48 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  29.86 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  32.26 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  32.26 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  32.26 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  32.26 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  32.26 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.8 
 
 		 266 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 261 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 266 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 273 aa  102  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  26.04 
 
 		 265 aa  99.4  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.57 
 
 		 285 aa  99  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 279 aa  99  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1872  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 306 aa  99  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.57 
 
 		 266 aa  99  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 266 aa  98.6  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  29.57 
 
 		 266 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  29.57 
 
 		 266 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.57 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.57 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  29.57 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  27.94 
 
 		 273 aa  97.4  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  30.64 
 
 		 266 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  29.35 
 
 		 265 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.85 
 
 		 268 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  29.17 
 
 		 256 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  27.17 
 
 		 257 aa  94.4  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  28.72 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.75 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  28.65 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  29.24 
 
 		 264 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  29.24 
 
 		 264 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  27.34 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>