More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2779 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  100 
 
 		 270 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  93.36 
 
 		 271 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  88.52 
 
 		 267 aa  509  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  61.75 
 
 		 268 aa  346  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19140  cyclohexadienyl dehydratase precursor  63.56 
 
 		 268 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  60.69 
 
 		 263 aa  325  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  57.81 
 
 		 261 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  57.81 
 
 		 261 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  57.81 
 
 		 261 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  57.81 
 
 		 261 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  57.81 
 
 		 261 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  57.81 
 
 		 261 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  57.42 
 
 		 261 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  56.76 
 
 		 264 aa  300  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  59.66 
 
 		 265 aa  300  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  56.75 
 
 		 265 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  56.64 
 
 		 260 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0111  prephenate dehydratase  56.81 
 
 		 258 aa  299  4e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.669855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  59.15 
 
 		 270 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0109  arogenate dehydratase  59.23 
 
 		 270 aa  295  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  59.23 
 
 		 266 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  58.8 
 
 		 270 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  58.8 
 
 		 270 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  58.8 
 
 		 270 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  56.9 
 
 		 256 aa  277  1e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  51.15 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  48.06 
 
 		 273 aa  262  4e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1335  cyclohexadienyl dehydratase, putative  48.5 
 
 		 263 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4767  Prephenate dehydratase  47.06 
 
 		 266 aa  248  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678819  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0738  Prephenate dehydratase  49.38 
 
 		 255 aa  247  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  47.74 
 
 		 263 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  49.38 
 
 		 255 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4447  arogenate dehydratase  47.28 
 
 		 255 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.393788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4388  extracellular solute-binding protein family 3  49.79 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  45.35 
 
 		 256 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3744  chorismate mutase, putative  45.22 
 
 		 421 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117732  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2737  arogenate dehydratase  48.65 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2470  cyclohexadienyl dehydratase  36.71 
 
 		 260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00435864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 253 aa  149  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3412  arogenate dehydratase  35.91 
 
 		 254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0941  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.52 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3279  polar amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.52 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  33.59 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  34.92 
 
 		 258 aa  138  7e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0714  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.61 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0236853 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  28.24 
 
 		 272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  28.74 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  34.57 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  27.56 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  28.46 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  27.17 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.82 
 
 		 272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  29.46 
 
 		 266 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  30.73 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  30.73 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  30.73 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  30.26 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  28.4 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  27.51 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  24.18 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 279 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  31.75 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 265 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  31.75 
 
 		 266 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  31.22 
 
 		 266 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  31.22 
 
 		 266 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  31.22 
 
 		 266 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.99 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  27.07 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1872  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 269 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  30.32 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  30.32 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  30.32 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  30.32 
 
 		 266 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 273 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  30.32 
 
 		 285 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 261 aa  99.8  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 		 266 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  31.58 
 
 		 266 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.79 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.79 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.45 
 
 		 264 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.02 
 
 		 278 aa  96.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 		 266 aa  95.9  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 264 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 277 aa  95.5  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.61 
 
 		 264 aa  95.5  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 266 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  29.82 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  29.24 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 264 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>