More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3412 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3412  arogenate dehydratase  100 
 
 
254 aa  523  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3279  polar amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  98.82 
 
 
256 aa  518  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0941  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  98.43 
 
 
254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0714  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  61.02 
 
 
256 aa  336  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0236853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  42.98 
 
 
263 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  42.06 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  39.74 
 
 
268 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19140  cyclohexadienyl dehydratase precursor  39.29 
 
 
268 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4388  extracellular solute-binding protein family 3  36.29 
 
 
246 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4447  arogenate dehydratase  38.5 
 
 
255 aa  152  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.393788 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  38.64 
 
 
271 aa  148  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  37.71 
 
 
270 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  39.7 
 
 
256 aa  148  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  36.86 
 
 
267 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  34.01 
 
 
284 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2737  arogenate dehydratase  38.32 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  34.62 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  35.04 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  34.62 
 
 
261 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  34.62 
 
 
261 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  34.62 
 
 
261 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  34.62 
 
 
261 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  34.62 
 
 
261 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  34.62 
 
 
261 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  37.02 
 
 
270 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  35.68 
 
 
266 aa  138  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  34.86 
 
 
273 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0109  arogenate dehydratase  35.21 
 
 
270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224766  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0738  Prephenate dehydratase  32.82 
 
 
255 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  35.21 
 
 
270 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  35.21 
 
 
270 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  35.21 
 
 
270 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  34.03 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0111  prephenate dehydratase  35.68 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.669855  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4767  Prephenate dehydratase  34.91 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678819  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3744  chorismate mutase, putative  37.2 
 
 
421 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117732  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  34.74 
 
 
265 aa  131  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  33.8 
 
 
265 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  32.93 
 
 
260 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1335  cyclohexadienyl dehydratase, putative  32.34 
 
 
263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  32.86 
 
 
263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2470  cyclohexadienyl dehydratase  35 
 
 
260 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00435864  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.58 
 
 
272 aa  92.4  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  24.17 
 
 
272 aa  91.3  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.34 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.81 
 
 
256 aa  85.5  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.13 
 
 
503 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.58 
 
 
485 aa  82.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  26.64 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.58 
 
 
485 aa  82.8  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  26.64 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  26.64 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  31.41 
 
 
273 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  27.24 
 
 
265 aa  82.4  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.83 
 
 
503 aa  82  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  35.71 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  27 
 
 
264 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.91 
 
 
489 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  40.91 
 
 
489 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  25.87 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.91 
 
 
489 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  27.59 
 
 
264 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
266 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 
294 aa  77  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.94 
 
 
281 aa  77  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  27.83 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.62 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  36.11 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  38.04 
 
 
263 aa  75.5  0.0000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.51 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.17 
 
 
266 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  33.04 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 
266 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  25.29 
 
 
258 aa  75.5  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  26.49 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  22.08 
 
 
276 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  26.25 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  25.41 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.17 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  30.51 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.46 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  26.67 
 
 
266 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  27.56 
 
 
273 aa  74.3  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  25.95 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  23.66 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  26.54 
 
 
278 aa  73.2  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  33.04 
 
 
256 aa  73.2  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.48 
 
 
284 aa  73.2  0.000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  26.27 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 
270 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  26.27 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  26.29 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  29.6 
 
 
297 aa  72.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  26.27 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>