More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0614 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 256 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4388  extracellular solute-binding protein family 3  50.22 
 
 		 246 aa  251  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2737  arogenate dehydratase  48.68 
 
 		 256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  47.1 
 
 		 267 aa  235  6e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  47.77 
 
 		 271 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  47.77 
 
 		 270 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  43.6 
 
 		 268 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  46.67 
 
 		 261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  46.67 
 
 		 261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  46.67 
 
 		 261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  45.7 
 
 		 263 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  46.61 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  46.61 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  46.61 
 
 		 261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  47.01 
 
 		 261 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19140  cyclohexadienyl dehydratase precursor  44.44 
 
 		 268 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0111  prephenate dehydratase  48 
 
 		 258 aa  208  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.669855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  48.44 
 
 		 270 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  49.77 
 
 		 264 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  48 
 
 		 266 aa  204  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  48 
 
 		 270 aa  204  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  48 
 
 		 270 aa  204  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0109  arogenate dehydratase  48.44 
 
 		 270 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  45.04 
 
 		 265 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  45.95 
 
 		 256 aa  201  9e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  43.75 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  47.11 
 
 		 270 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  45.33 
 
 		 265 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  44 
 
 		 273 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0738  Prephenate dehydratase  40.65 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  41.22 
 
 		 255 aa  184  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  42.91 
 
 		 263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4767  Prephenate dehydratase  41.67 
 
 		 266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678819  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  41.18 
 
 		 284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1335  cyclohexadienyl dehydratase, putative  41.18 
 
 		 263 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4447  arogenate dehydratase  39.83 
 
 		 255 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.393788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3744  chorismate mutase, putative  39.19 
 
 		 421 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3279  polar amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.16 
 
 		 256 aa  148  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0941  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  39.7 
 
 		 254 aa  148  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3412  arogenate dehydratase  39.7 
 
 		 254 aa  148  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2470  cyclohexadienyl dehydratase  38.36 
 
 		 260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00435864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0714  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.04 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0236853 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.01 
 
 		 267 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 270 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.35 
 
 		 266 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.27 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 266 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  30.26 
 
 		 266 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.26 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  33.63 
 
 		 258 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.41 
 
 		 264 aa  99.8  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  29.81 
 
 		 278 aa  99.4  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  34.92 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.26 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 264 aa  97.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 313 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 290 aa  97.1  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  29.44 
 
 		 256 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  28.24 
 
 		 264 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.7 
 
 		 264 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  28.28 
 
 		 256 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.36 
 
 		 489 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.36 
 
 		 489 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  35.36 
 
 		 489 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 266 aa  95.5  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.98 
 
 		 260 aa  95.1  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  42.86 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  29.17 
 
 		 265 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 264 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 266 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 266 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 266 aa  92  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 284 aa  92  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  27.49 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.39 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  27.49 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  27.49 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 264 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  26.69 
 
 		 266 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  27.49 
 
 		 266 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>