More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4767 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4767  Prephenate dehydratase  100 
 
 		 266 aa  548  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678819  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  77.1 
 
 		 273 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  57.98 
 
 		 260 aa  324  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3891  Arogenate dehydratase  59.67 
 
 		 265 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0111  prephenate dehydratase  57.59 
 
 		 258 aa  315  5e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.669855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0043  cyclohexadienyl dehydratase  58.47 
 
 		 265 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0125  arogenate dehydratase  59.83 
 
 		 270 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0100  prephenate dehydratase  59.4 
 
 		 270 aa  308  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688966  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2945  prephenate dehydratase  59.4 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0273907  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0110  prephenate dehydratase  59.4 
 
 		 270 aa  308  5e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.433262  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3291  cyclohexadienyl dehydratase  59.66 
 
 		 266 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0109  arogenate dehydratase  58.97 
 
 		 270 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.224766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  54.86 
 
 		 261 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  54.86 
 
 		 261 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  54.86 
 
 		 261 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  56.22 
 
 		 261 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  57.26 
 
 		 264 aa  305  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  56.22 
 
 		 261 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  56.22 
 
 		 261 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  55.82 
 
 		 261 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  50.94 
 
 		 284 aa  296  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1151  prephenate dehydratase  52.96 
 
 		 263 aa  285  7e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0738  Prephenate dehydratase  51.61 
 
 		 255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4447  arogenate dehydratase  53.02 
 
 		 255 aa  282  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.393788 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1335  cyclohexadienyl dehydratase, putative  50.58 
 
 		 263 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  48.3 
 
 		 255 aa  275  7e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  50.19 
 
 		 263 aa  261  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  47.62 
 
 		 267 aa  256  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  48.74 
 
 		 271 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  48.5 
 
 		 270 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19140  cyclohexadienyl dehydratase precursor  45.49 
 
 		 268 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  42.53 
 
 		 268 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  45.45 
 
 		 256 aa  225  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3744  chorismate mutase, putative  42.24 
 
 		 421 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117732  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  40.48 
 
 		 256 aa  186  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4388  extracellular solute-binding protein family 3  41.53 
 
 		 246 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2737  arogenate dehydratase  44 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2470  cyclohexadienyl dehydratase  36.6 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00435864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3279  polar amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 		 256 aa  133  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3412  arogenate dehydratase  34.91 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0941  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.91 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  31.58 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  30.36 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0714  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0236853 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  29.18 
 
 		 266 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  28.79 
 
 		 266 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  25.29 
 
 		 278 aa  102  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 271 aa  99.8  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  25.85 
 
 		 272 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1872  extracellular solute-binding protein  31.77 
 
 		 306 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.31 
 
 		 266 aa  97.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 266 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 265 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.6 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.91 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  25.85 
 
 		 273 aa  94  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  25.3 
 
 		 265 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  36.43 
 
 		 270 aa  92.8  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 279 aa  92.8  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.83 
 
 		 748 aa  92.8  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 266 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.47 
 
 		 267 aa  92  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  28.33 
 
 		 288 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  27.62 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 269 aa  91.3  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 268 aa  89.4  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 266 aa  89  7e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 272 aa  88.6  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  22.75 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 		 278 aa  86.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  26.47 
 
 		 265 aa  86.3  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 257 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  25.57 
 
 		 266 aa  85.5  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  23.53 
 
 		 266 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  25.57 
 
 		 266 aa  85.5  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  25.57 
 
 		 266 aa  85.5  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.94 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.94 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  23.14 
 
 		 266 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  28.29 
 
 		 256 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.2 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.2 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  23.14 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.2 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.2 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  27.42 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  37.38 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  23.14 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  23.14 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  31.58 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>