More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0378 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
294 aa  602  1.0000000000000001e-171  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0517  extracellular solute-binding protein  55.78 
 
 
283 aa  294  1e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  52.72 
 
 
263 aa  259  5.0000000000000005e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  46.1 
 
 
284 aa  241  7.999999999999999e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  46.5 
 
 
282 aa  233  3e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.27 
 
 
283 aa  210  2e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0949  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  39.41 
 
 
276 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.2503  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  38.63 
 
 
262 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  41.1 
 
 
262 aa  185  7e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  38.79 
 
 
265 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  36.55 
 
 
284 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.61 
 
 
257 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.61 
 
 
257 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  35.84 
 
 
263 aa  161  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  35.81 
 
 
267 aa  155  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  37.44 
 
 
268 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  37.23 
 
 
265 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 
295 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  35.37 
 
 
266 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  34.75 
 
 
274 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  34.06 
 
 
266 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  33.08 
 
 
264 aa  142  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  33.08 
 
 
264 aa  142  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  30.5 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
262 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 
275 aa  139  4.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  34.27 
 
 
277 aa  136  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.19 
 
 
256 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  29.85 
 
 
265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  34.24 
 
 
266 aa  125  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 
285 aa  125  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
285 aa  125  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  125  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  125  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  34.88 
 
 
266 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.99 
 
 
266 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.99 
 
 
266 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.99 
 
 
266 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.5 
 
 
266 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  34.5 
 
 
266 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  34.5 
 
 
266 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  33.85 
 
 
266 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  29.41 
 
 
266 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  33.85 
 
 
266 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  27.44 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  31.56 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  27.44 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  27.44 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 
266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 
266 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.13 
 
 
264 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  33.09 
 
 
257 aa  119  7e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30.13 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30.13 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.8 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.58 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  28.57 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  29.73 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.24 
 
 
265 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  31.09 
 
 
266 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  34.2 
 
 
253 aa  116  5e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.29 
 
 
264 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.73 
 
 
273 aa  115  6e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.17 
 
 
264 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
264 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  31.17 
 
 
264 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.74 
 
 
277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 
258 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.86 
 
 
264 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
284 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0661  extracellular solute-binding protein family 3  30.77 
 
 
276 aa  112  8.000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.126579  hitchhiker  0.00355564 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 
246 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 
270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  30.19 
 
 
280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 
246 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  29.72 
 
 
280 aa  109  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
261 aa  109  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  30.93 
 
 
266 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13330  amino acid-binding protein  29.23 
 
 
291 aa  108  1e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 
275 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>