More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05402 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  100 
 
 		 280 aa  577  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  74.82 
 
 		 280 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  70.48 
 
 		 278 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  73.33 
 
 		 279 aa  398  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  69.74 
 
 		 278 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.06 
 
 		 277 aa  359  3e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  51.45 
 
 		 278 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  40.38 
 
 		 267 aa  209  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  38.06 
 
 		 272 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  36.4 
 
 		 281 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  36.4 
 
 		 281 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  34.35 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 274 aa  148  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  30.77 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  31.27 
 
 		 271 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  32.08 
 
 		 273 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  30.15 
 
 		 278 aa  135  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  29.77 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  32.91 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  34.01 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  34.01 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  29.26 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  34.01 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  34.01 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.01 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.01 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  33.58 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  32.96 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 		 271 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  31.49 
 
 		 270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.23 
 
 		 284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.32 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 279 aa  126  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.85 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 271 aa  125  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.1 
 
 		 272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.38 
 
 		 272 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 		 268 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  31.44 
 
 		 268 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  29.55 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  30.04 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  29.6 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  29.6 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  28.9 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  32.44 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.16 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  26.52 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 275 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2029  extracellular solute-binding protein family 3  26.04 
 
 		 275 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00497658  hitchhiker  0.00148627 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 260 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  28.39 
 
 		 275 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  29.31 
 
 		 271 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  28.1 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  28.39 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  25.91 
 
 		 284 aa  102  8e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.39 
 
 		 276 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.54 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.97 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  27.97 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  30.57 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.97 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  27.97 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.97 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.97 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.89 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  26.72 
 
 		 281 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  26.72 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  27.13 
 
 		 266 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 246 aa  99.4  6e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  26.69 
 
 		 285 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  26.69 
 
 		 266 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  26.69 
 
 		 266 aa  99.4  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.29 
 
 		 273 aa  99  7e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1517  ABC transporter extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 275 aa  99  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0341163  normal  0.209417 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.85 
 
 		 248 aa  99  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  27.13 
 
 		 266 aa  99  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  27.66 
 
 		 290 aa  99  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.89 
 
 		 243 aa  99  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.89 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  24.89 
 
 		 243 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>