More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9241 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 272 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  50.75 
 
 		 267 aa  258  7e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  42.23 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  41.3 
 
 		 281 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  41.37 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  41.3 
 
 		 281 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  37.69 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  39.36 
 
 		 278 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  38.06 
 
 		 280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  38.15 
 
 		 279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  42 
 
 		 275 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.3 
 
 		 277 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  35.82 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  37.7 
 
 		 280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  35.97 
 
 		 278 aa  171  7.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  37.36 
 
 		 276 aa  165  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 		 270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  36.05 
 
 		 267 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  34.21 
 
 		 278 aa  155  8e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  34.21 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  34.44 
 
 		 278 aa  152  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.06 
 
 		 284 aa  148  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 		 271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 		 271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 		 271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  34.66 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 		 292 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.66 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  33.7 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  33.33 
 
 		 268 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.07 
 
 		 272 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.16 
 
 		 271 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  35.42 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.58 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.42 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.42 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  32.58 
 
 		 268 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  34.94 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  34.94 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 262 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.65 
 
 		 250 aa  127  3e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  30.51 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  30.51 
 
 		 281 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  33.03 
 
 		 271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  31.23 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  31.62 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.91 
 
 		 276 aa  112  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.8 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  30.8 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 276 aa  112  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.8 
 
 		 276 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.38 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  30.38 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.38 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  30.38 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  31.67 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.49 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 275 aa  109  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  29.87 
 
 		 265 aa  109  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  28.36 
 
 		 278 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.79 
 
 		 266 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  29.76 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.97 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.97 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.97 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.51 
 
 		 266 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.51 
 
 		 285 aa  106  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 330 aa  105  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 275 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.05 
 
 		 264 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.29 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  28.51 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  28.51 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  28.51 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 299 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.05 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.13 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  31.3 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>