More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2912 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 		 277 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  65.25 
 
 		 280 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  64.06 
 
 		 280 aa  360  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  61.37 
 
 		 278 aa  356  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  57.55 
 
 		 278 aa  338  5e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  59.69 
 
 		 278 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  59.22 
 
 		 279 aa  335  7e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  43.07 
 
 		 267 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  37.12 
 
 		 272 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  37.04 
 
 		 284 aa  165  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  37.13 
 
 		 281 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  37.13 
 
 		 281 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  35.06 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  33.72 
 
 		 273 aa  149  7e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 274 aa  149  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  31.03 
 
 		 271 aa  145  6e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  34 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.46 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 271 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 271 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 271 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 270 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.6 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.66 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.66 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  32.66 
 
 		 271 aa  135  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  31.32 
 
 		 278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.52 
 
 		 272 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  31.68 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.68 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 		 271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  31.18 
 
 		 278 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.3 
 
 		 284 aa  132  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  31.3 
 
 		 284 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 		 267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  31.7 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  32.38 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 262 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  30.34 
 
 		 268 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  30.42 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  30.24 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  30.24 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  31.36 
 
 		 286 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.65 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.01 
 
 		 276 aa  115  6e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.65 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  31.29 
 
 		 276 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.29 
 
 		 276 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  31.29 
 
 		 276 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.29 
 
 		 276 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.29 
 
 		 276 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  31.29 
 
 		 276 aa  112  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 275 aa  112  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.29 
 
 		 276 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  29.59 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  29.63 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  30.96 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 275 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 275 aa  106  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2029  extracellular solute-binding protein family 3  27.5 
 
 		 275 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00497658  hitchhiker  0.00148627 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.51 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.04 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  26.53 
 
 		 273 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 260 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 266 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 250 aa  99.4  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  28.95 
 
 		 266 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 		 247 aa  95.9  7e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.6 
 
 		 261 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 261 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 260 aa  95.1  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  27.09 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 268 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  26.38 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  27.09 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  24.14 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 260 aa  94.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  26.47 
 
 		 263 aa  94.4  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  27.09 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  26.02 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.73 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 		 261 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  26.27 
 
 		 266 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  27.82 
 
 		 266 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 271 aa  93.6  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  26.27 
 
 		 266 aa  93.6  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>