More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4039 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 295 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 295 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  60.98 
 
 		 271 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.38 
 
 		 272 aa  330  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  60.61 
 
 		 292 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  60.23 
 
 		 271 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  60.23 
 
 		 271 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  60.23 
 
 		 271 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  60.23 
 
 		 271 aa  328  6e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  63.31 
 
 		 262 aa  328  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  62.5 
 
 		 271 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.25 
 
 		 272 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  61.9 
 
 		 279 aa  323  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  62.07 
 
 		 278 aa  323  2e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  59.19 
 
 		 278 aa  322  5e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  58.82 
 
 		 278 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  61.79 
 
 		 284 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  61.79 
 
 		 284 aa  319  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  61.79 
 
 		 284 aa  319  3e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  59.84 
 
 		 271 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  60.64 
 
 		 271 aa  316  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.84 
 
 		 271 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  59.84 
 
 		 271 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.84 
 
 		 271 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  59.84 
 
 		 271 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  59.84 
 
 		 271 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  59.62 
 
 		 267 aa  315  6e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  60.62 
 
 		 278 aa  315  6e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  56.15 
 
 		 268 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  56.15 
 
 		 268 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  49.45 
 
 		 276 aa  259  4e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  37.69 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  34.43 
 
 		 273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  38.4 
 
 		 267 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 271 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  39.06 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  36.03 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 		 282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  33.69 
 
 		 284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  35.16 
 
 		 281 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  35.16 
 
 		 281 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  35.11 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  35.29 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  35.25 
 
 		 272 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.17 
 
 		 276 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.17 
 
 		 276 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  33.83 
 
 		 285 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 275 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  34.75 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  34.09 
 
 		 266 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  34.09 
 
 		 266 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  33.46 
 
 		 285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  34.09 
 
 		 266 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  34.09 
 
 		 266 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.19 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  34.1 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  33.71 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  34.16 
 
 		 267 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  35.48 
 
 		 274 aa  133  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  33.33 
 
 		 266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  33.33 
 
 		 266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  33.33 
 
 		 266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  35.04 
 
 		 275 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  35.56 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  32.95 
 
 		 266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 275 aa  129  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  31.2 
 
 		 275 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  33.76 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  32.57 
 
 		 266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  32.55 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  31.6 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  36.96 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  33.76 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  31.03 
 
 		 266 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  31.03 
 
 		 266 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  31.03 
 
 		 266 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 266 aa  126  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 266 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  36.8 
 
 		 260 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 		 255 aa  126  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.56 
 
 		 265 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 		 267 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.52 
 
 		 262 aa  124  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  37.9 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  40.34 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  32.93 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.52 
 
 		 262 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 		 262 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  31.64 
 
 		 278 aa  123  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 266 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>