More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6372 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
280 aa  577  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  74.82 
 
 
280 aa  442  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  66.67 
 
 
278 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  68.63 
 
 
279 aa  376  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  68.08 
 
 
278 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  65.25 
 
 
277 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  59.62 
 
 
278 aa  336  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  42.02 
 
 
267 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  37.7 
 
 
272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  36.33 
 
 
274 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  37.08 
 
 
281 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  37.08 
 
 
281 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  36.93 
 
 
275 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  33.61 
 
 
284 aa  148  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  34.3 
 
 
282 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 
276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  30.86 
 
 
271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 
271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 
271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 
271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 
271 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 
271 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
271 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 
271 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  33.21 
 
 
271 aa  126  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.21 
 
 
271 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.21 
 
 
271 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.94 
 
 
271 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
271 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 
270 aa  119  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 
271 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
271 aa  119  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  28.26 
 
 
278 aa  117  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  29.28 
 
 
278 aa  115  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  29.1 
 
 
278 aa  115  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.79 
 
 
284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.27 
 
 
272 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  30.45 
 
 
268 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  30.08 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.4 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  27.74 
 
 
278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 
267 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 
294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  31.23 
 
 
295 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  31.23 
 
 
295 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30 
 
 
272 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  28.26 
 
 
269 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 
262 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  32.61 
 
 
246 aa  103  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  29.24 
 
 
268 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 
261 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
275 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
268 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.32 
 
 
243 aa  102  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 
275 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  32.03 
 
 
263 aa  102  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  29.11 
 
 
275 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.43 
 
 
243 aa  102  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.15 
 
 
490 aa  101  1e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
268 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  27.88 
 
 
243 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.88 
 
 
243 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 
250 aa  100  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.88 
 
 
243 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  27.88 
 
 
243 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.88 
 
 
243 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.88 
 
 
243 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.28 
 
 
261 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
261 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  28.69 
 
 
275 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.69 
 
 
267 aa  99.4  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  27.43 
 
 
243 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  28.14 
 
 
281 aa  99  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  31.06 
 
 
261 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  28.63 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
276 aa  97.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.79 
 
 
276 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  25.31 
 
 
275 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  28.27 
 
 
240 aa  97.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.51 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2029  extracellular solute-binding protein family 3  25.37 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00497658  hitchhiker  0.00148627 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.51 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
261 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.51 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.51 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.51 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.79 
 
 
276 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  25.67 
 
 
290 aa  96.7  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.79 
 
 
276 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  29.79 
 
 
276 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  27.71 
 
 
286 aa  95.9  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  27.95 
 
 
271 aa  95.9  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 
271 aa  95.9  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>