More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2462 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 281 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  99.64 
 
 		 281 aa  570  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  82.56 
 
 		 284 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  77.62 
 
 		 282 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  66.41 
 
 		 275 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  44.32 
 
 		 271 aa  218  6e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  41.98 
 
 		 267 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 		 271 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 		 270 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  42.97 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  40.55 
 
 		 274 aa  196  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 		 289 aa  191  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  41.6 
 
 		 272 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 279 aa  182  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  36.8 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  37.69 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  36 
 
 		 278 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  35.82 
 
 		 278 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.4 
 
 		 284 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  39.08 
 
 		 276 aa  171  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.01 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 		 267 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.21 
 
 		 277 aa  168  8e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 271 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 271 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 271 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 271 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.73 
 
 		 271 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  35.97 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  37.64 
 
 		 280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.47 
 
 		 272 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.98 
 
 		 272 aa  155  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  35.91 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  36.05 
 
 		 268 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  35.91 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  36.05 
 
 		 268 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  32.72 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  33.33 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 		 262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  33.61 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  32.56 
 
 		 278 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  34.3 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.71 
 
 		 276 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  32.66 
 
 		 281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.3 
 
 		 276 aa  132  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.3 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  34.3 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.3 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.88 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  33.88 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.88 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.88 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  34.47 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2029  extracellular solute-binding protein family 3  31.23 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00497658  hitchhiker  0.00148627 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  32.23 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 275 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  31.25 
 
 		 328 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  35.37 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  31.25 
 
 		 328 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  30.88 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  35.37 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  31.25 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  31.75 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  32.13 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.29 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  35.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.21 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  29.39 
 
 		 278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 		 330 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  31.35 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  32.96 
 
 		 298 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>