More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2212 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 330 aa  680    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  98.69 
 
 		 306 aa  620  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  92.16 
 
 		 306 aa  578  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  93.14 
 
 		 306 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  93.14 
 
 		 306 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  93.14 
 
 		 306 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  75.08 
 
 		 302 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  77.9 
 
 		 291 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  67.35 
 
 		 301 aa  408  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  67.6 
 
 		 302 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  64.24 
 
 		 301 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  65.64 
 
 		 301 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  65.08 
 
 		 302 aa  398  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  58.56 
 
 		 328 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  58.56 
 
 		 297 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  59.39 
 
 		 297 aa  360  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  58.56 
 
 		 328 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  58.22 
 
 		 298 aa  358  7e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  58.22 
 
 		 297 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  57.38 
 
 		 297 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  58.7 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  58.7 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  57.05 
 
 		 297 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  57.05 
 
 		 297 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  59.46 
 
 		 302 aa  352  5e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  58.16 
 
 		 297 aa  350  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  59.34 
 
 		 297 aa  349  3e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  59.34 
 
 		 297 aa  348  6e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  56.46 
 
 		 298 aa  348  7e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  59.34 
 
 		 297 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  57.75 
 
 		 298 aa  346  3e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  56.38 
 
 		 302 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  58.84 
 
 		 302 aa  344  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  56.04 
 
 		 302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  55.44 
 
 		 298 aa  343  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  56.04 
 
 		 302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  56.04 
 
 		 302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  59.26 
 
 		 302 aa  342  4e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  59.26 
 
 		 302 aa  342  4e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  59.26 
 
 		 302 aa  342  5e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  59.26 
 
 		 302 aa  342  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  55.63 
 
 		 302 aa  342  7e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  53.61 
 
 		 299 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  59.26 
 
 		 298 aa  341  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  58.89 
 
 		 302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  58.89 
 
 		 302 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  57.25 
 
 		 302 aa  338  5.9999999999999996e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  58.52 
 
 		 302 aa  338  8e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  54.03 
 
 		 319 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  53.42 
 
 		 299 aa  335  5e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  55.22 
 
 		 301 aa  333  3e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  51.91 
 
 		 330 aa  333  4e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  55.18 
 
 		 304 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  54.27 
 
 		 313 aa  329  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  52.76 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  52.76 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  52.76 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  54.26 
 
 		 302 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  53.9 
 
 		 302 aa  322  5e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  53.09 
 
 		 302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  52.77 
 
 		 302 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  55.72 
 
 		 334 aa  319  5e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  56.83 
 
 		 312 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  52.23 
 
 		 333 aa  317  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  56.16 
 
 		 305 aa  315  5e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.8 
 
 		 306 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  55.8 
 
 		 305 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  55.43 
 
 		 304 aa  311  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  52.84 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  55.07 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.07 
 
 		 308 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.51 
 
 		 359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  53.51 
 
 		 299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.51 
 
 		 298 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.51 
 
 		 298 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  53.51 
 
 		 299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.51 
 
 		 299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  53.51 
 
 		 299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.65 
 
 		 308 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  51.55 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  51.7 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.7 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  51.2 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  51.02 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  51.65 
 
 		 307 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  51.65 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 298 aa  300  3e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  49.48 
 
 		 298 aa  297  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  51.35 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 		 298 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 		 298 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 		 298 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  48.63 
 
 		 295 aa  295  9e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  49.83 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  51.3 
 
 		 295 aa  290  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  50.55 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 		 296 aa  286  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  45.73 
 
 		 299 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  50.37 
 
 		 302 aa  279  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  47.42 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>