More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4024 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 298 aa  612  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  75.5 
 
 		 300 aa  470  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  76.21 
 
 		 299 aa  441  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  76.76 
 
 		 298 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  75.79 
 
 		 300 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  70.07 
 
 		 304 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  74.46 
 
 		 300 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  71.19 
 
 		 373 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  71.67 
 
 		 299 aa  418  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  70.33 
 
 		 299 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  70 
 
 		 299 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  69.23 
 
 		 297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  64.13 
 
 		 303 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  62.28 
 
 		 299 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0691  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  55.15 
 
 		 302 aa  342  5.999999999999999e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000300559  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0659  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  55.15 
 
 		 302 aa  342  5.999999999999999e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147361  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0658  putative glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein/periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  57.24 
 
 		 460 aa  338  9e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000641362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  56.52 
 
 		 301 aa  326  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0788  extracellular solute-binding protein  50.52 
 
 		 358 aa  302  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00176914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  55.8 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 305 aa  286  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  51.84 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  50.51 
 
 		 296 aa  282  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  49.49 
 
 		 295 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  48.12 
 
 		 294 aa  280  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  47.95 
 
 		 297 aa  272  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  51.03 
 
 		 297 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  49.66 
 
 		 328 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  49.66 
 
 		 328 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  49.66 
 
 		 297 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  49.82 
 
 		 293 aa  269  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  49.83 
 
 		 297 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  49.66 
 
 		 298 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  45.8 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 		 297 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  49.66 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  48.26 
 
 		 299 aa  262  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  47.48 
 
 		 302 aa  261  8e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 		 297 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 		 297 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  48.97 
 
 		 297 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  45.58 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  44.29 
 
 		 301 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  45.24 
 
 		 330 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 		 297 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  47.57 
 
 		 299 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  47.67 
 
 		 297 aa  254  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  44.64 
 
 		 301 aa  254  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  44.13 
 
 		 299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  47.31 
 
 		 297 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  47.08 
 
 		 302 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  48.18 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  44.59 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  47.39 
 
 		 330 aa  250  2e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  44.9 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  44.9 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  44.93 
 
 		 319 aa  249  3e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.56 
 
 		 306 aa  250  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  47.81 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.16 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  43.62 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  46.15 
 
 		 313 aa  248  8e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  45.52 
 
 		 301 aa  248  9e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  44.4 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  46.39 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  45.52 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  43.26 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  47.04 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  42.55 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  44.6 
 
 		 297 aa  242  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  46.04 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  42.32 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  44.6 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  43.12 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  45.56 
 
 		 334 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  42.86 
 
 		 301 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  41.73 
 
 		 289 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 		 303 aa  238  9e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  43.48 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  44.37 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  43.36 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  40.56 
 
 		 291 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 		 333 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  45 
 
 		 298 aa  235  7e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  42.52 
 
 		 303 aa  235  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  42.12 
 
 		 299 aa  234  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  44.48 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  42.65 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  42.52 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  40.28 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  45.39 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.78 
 
 		 359 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.78 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.78 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>