More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3932 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 297 aa  611  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  67.59 
 
 		 305 aa  421  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  50.91 
 
 		 305 aa  301  6.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  52.69 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  44.14 
 
 		 299 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.59 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 		 298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  46.24 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  46.59 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  46.85 
 
 		 302 aa  269  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.77 
 
 		 328 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.77 
 
 		 328 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  43.77 
 
 		 297 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.77 
 
 		 298 aa  268  7e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  43.43 
 
 		 297 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  43.43 
 
 		 297 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  43.77 
 
 		 297 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  45.49 
 
 		 297 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  48.18 
 
 		 296 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 		 297 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  46.84 
 
 		 302 aa  265  8e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  45.29 
 
 		 334 aa  265  1e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 		 330 aa  264  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  44.97 
 
 		 330 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  47.25 
 
 		 295 aa  262  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  45.9 
 
 		 319 aa  261  8.999999999999999e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  44.3 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  45.92 
 
 		 302 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  45.09 
 
 		 333 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  42.14 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  44.76 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  44.76 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  44.76 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  44.77 
 
 		 301 aa  255  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  45.05 
 
 		 302 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  43.71 
 
 		 291 aa  255  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.41 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  44.59 
 
 		 305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  46.24 
 
 		 295 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 		 308 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  43.92 
 
 		 299 aa  251  8.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  43.05 
 
 		 300 aa  251  9.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  47.84 
 
 		 300 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  46.64 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  42.31 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  44.73 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  43.82 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  42.6 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.06 
 
 		 313 aa  248  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  47.99 
 
 		 300 aa  248  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.83 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.83 
 
 		 299 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  44.83 
 
 		 299 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.83 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  44.73 
 
 		 303 aa  248  7e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  44.83 
 
 		 299 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.22 
 
 		 359 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  44.83 
 
 		 299 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  46.48 
 
 		 373 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  43.32 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.48 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  44.73 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  43.11 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 		 294 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  42.86 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3563  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.332413  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.46 
 
 		 308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  44.4 
 
 		 289 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  42.5 
 
 		 302 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  44.8 
 
 		 298 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  43.07 
 
 		 307 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6147  extracellular solute-binding protein  44.16 
 
 		 298 aa  241  9e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888912  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.64 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  40.83 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  44.59 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  40.82 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6783  extracellular solute-binding protein family 3  42.18 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  43.05 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  43.12 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  44.29 
 
 		 305 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  44.56 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  44.64 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  43.12 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  43 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  41.64 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  42.38 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  40.43 
 
 		 301 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  39.31 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  44.49 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>