More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0481 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 		 313 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  90.07 
 
 		 302 aa  547  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  90.4 
 
 		 302 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  82.61 
 
 		 299 aa  521  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  81.27 
 
 		 299 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  68.46 
 
 		 297 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  68.46 
 
 		 297 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  67.56 
 
 		 298 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  67.33 
 
 		 328 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  68.12 
 
 		 297 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  68.12 
 
 		 297 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  68.12 
 
 		 297 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  67.33 
 
 		 328 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  68.12 
 
 		 297 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  67.45 
 
 		 297 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  67.79 
 
 		 297 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  70 
 
 		 297 aa  411  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  66.78 
 
 		 297 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  68.93 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  62.75 
 
 		 298 aa  391  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  63.09 
 
 		 298 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  66.07 
 
 		 297 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  65.83 
 
 		 302 aa  390  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  65.07 
 
 		 302 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  66.1 
 
 		 302 aa  384  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  62.75 
 
 		 298 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  65.75 
 
 		 302 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  63.51 
 
 		 298 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  60.6 
 
 		 302 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.08 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  58.03 
 
 		 305 aa  371  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  63.27 
 
 		 333 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  60.26 
 
 		 302 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  58.03 
 
 		 305 aa  371  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  60.26 
 
 		 302 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  60.26 
 
 		 302 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  60.47 
 
 		 301 aa  372  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  58.03 
 
 		 305 aa  371  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  60.26 
 
 		 302 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  62.68 
 
 		 305 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  62.68 
 
 		 305 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  63.03 
 
 		 305 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  62.32 
 
 		 306 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  63.47 
 
 		 302 aa  361  8e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  63.47 
 
 		 302 aa  361  8e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  63.47 
 
 		 302 aa  360  1e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  63.47 
 
 		 302 aa  360  1e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  63.47 
 
 		 302 aa  360  1e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  63.38 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  63.1 
 
 		 302 aa  358  5e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  63.1 
 
 		 302 aa  358  8e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  62.73 
 
 		 302 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  56.45 
 
 		 298 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  56.45 
 
 		 298 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  55.67 
 
 		 298 aa  353  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  56.85 
 
 		 301 aa  352  5e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  56.06 
 
 		 301 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  61.21 
 
 		 308 aa  351  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  60.52 
 
 		 359 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  60.52 
 
 		 298 aa  348  5e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  60.52 
 
 		 298 aa  348  5e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  60.52 
 
 		 299 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  60.52 
 
 		 299 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  60.52 
 
 		 299 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  60.52 
 
 		 299 aa  348  6e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  56.75 
 
 		 299 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  56.06 
 
 		 301 aa  346  3e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  60.78 
 
 		 307 aa  345  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  57.79 
 
 		 319 aa  345  5e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  59.85 
 
 		 330 aa  345  6e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  56.99 
 
 		 298 aa  345  8e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  56.99 
 
 		 298 aa  345  8e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  56.99 
 
 		 298 aa  345  8e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  56.4 
 
 		 299 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  60.78 
 
 		 307 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.41 
 
 		 299 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  59.63 
 
 		 312 aa  343  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  60.74 
 
 		 302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  57.72 
 
 		 298 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  56.94 
 
 		 334 aa  338  5.9999999999999996e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  54.67 
 
 		 291 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  57.29 
 
 		 304 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  56.63 
 
 		 299 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  53.95 
 
 		 302 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5110  extracellular solute-binding protein family 3  56.4 
 
 		 295 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738161 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  53.2 
 
 		 302 aa  331  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  54.27 
 
 		 330 aa  329  4e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  54.48 
 
 		 306 aa  329  4e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  53.74 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  53.95 
 
 		 306 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  55.33 
 
 		 306 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0906  extracellular solute-binding protein  53.24 
 
 		 304 aa  321  8e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.425834  normal  0.179529 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  54.98 
 
 		 306 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  54.98 
 
 		 306 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  54.96 
 
 		 300 aa  317  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2829  extracellular solute-binding protein family 3  49.67 
 
 		 324 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.0146067 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1306  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  49.83 
 
 		 292 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.834436  normal  0.456996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  49.66 
 
 		 301 aa  296  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  49.83 
 
 		 299 aa  295  6e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  49.64 
 
 		 303 aa  292  4e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>