More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1546 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 295 aa  600  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  90.54 
 
 		 296 aa  542  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  72.45 
 
 		 295 aa  437  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  71.72 
 
 		 294 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  70.48 
 
 		 293 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  62.23 
 
 		 289 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  62.14 
 
 		 297 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  61.03 
 
 		 297 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4578  extracellular solute-binding protein  56.09 
 
 		 296 aa  332  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.575632 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1655  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  55.82 
 
 		 326 aa  315  4e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.92194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  53.36 
 
 		 301 aa  314  9e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  53.18 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  53.18 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  53.18 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  56.34 
 
 		 302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  56.34 
 
 		 302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  56.34 
 
 		 302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  52.84 
 
 		 302 aa  312  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  55.72 
 
 		 302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  52.84 
 
 		 302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  55.97 
 
 		 302 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  55.97 
 
 		 302 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  55.97 
 
 		 302 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  55.97 
 
 		 302 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  51.01 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  51.9 
 
 		 297 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  53.68 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  51.19 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  50.68 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  51.9 
 
 		 297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  52.96 
 
 		 299 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  51.9 
 
 		 297 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  51.57 
 
 		 297 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  54.07 
 
 		 298 aa  301  9e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  51.72 
 
 		 298 aa  300  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.57 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  51.9 
 
 		 297 aa  300  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.57 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  55.11 
 
 		 308 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.57 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  53.62 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  55.36 
 
 		 307 aa  299  3e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  51.56 
 
 		 297 aa  299  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  52.94 
 
 		 297 aa  299  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  55.36 
 
 		 307 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  53.31 
 
 		 297 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  51.56 
 
 		 297 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  51.56 
 
 		 297 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  54.48 
 
 		 298 aa  298  9e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.2 
 
 		 313 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  52.99 
 
 		 319 aa  295  5e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  49.83 
 
 		 306 aa  295  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  51.7 
 
 		 302 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  52.24 
 
 		 330 aa  293  2e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  49.32 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  49.65 
 
 		 302 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  52.61 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.36 
 
 		 359 aa  293  3e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  50.18 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  50.18 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  55.23 
 
 		 304 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  50.18 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  51.7 
 
 		 302 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  53.36 
 
 		 299 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  53.36 
 
 		 299 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.36 
 
 		 298 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  53.36 
 
 		 299 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.36 
 
 		 299 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.36 
 
 		 298 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  51.49 
 
 		 298 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  51.49 
 
 		 298 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  51.49 
 
 		 298 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  48.16 
 
 		 330 aa  291  9e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  49.49 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  48.97 
 
 		 298 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  51.12 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  49.48 
 
 		 301 aa  290  3e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  51.49 
 
 		 298 aa  289  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  50.36 
 
 		 334 aa  289  4e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  51.21 
 
 		 301 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  51.12 
 
 		 298 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  47.46 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  53.36 
 
 		 302 aa  288  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  47.55 
 
 		 291 aa  286  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  54.1 
 
 		 302 aa  286  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  52.24 
 
 		 299 aa  285  5e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  50.52 
 
 		 298 aa  285  5.999999999999999e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  49.15 
 
 		 333 aa  285  7e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  49.82 
 
 		 301 aa  285  8e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  52.59 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.01 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  47.08 
 
 		 299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  46.74 
 
 		 299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  51.65 
 
 		 305 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  51.87 
 
 		 302 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  48.25 
 
 		 301 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  48.6 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  49.15 
 
 		 300 aa  281  8.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.18 
 
 		 308 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  51.49 
 
 		 302 aa  280  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>