More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1112 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 305 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  98.03 
 
 		 306 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  97.7 
 
 		 305 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  96.72 
 
 		 305 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  78.5 
 
 		 333 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  76.72 
 
 		 302 aa  477  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  76.32 
 
 		 302 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  75.99 
 
 		 302 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  79.02 
 
 		 308 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  78.5 
 
 		 304 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  68.85 
 
 		 304 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  66.55 
 
 		 297 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  66.91 
 
 		 319 aa  385  1e-106  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  66.55 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  66.22 
 
 		 297 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  66.22 
 
 		 297 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 		 330 aa  383  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  65.88 
 
 		 297 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  65.88 
 
 		 297 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  66.22 
 
 		 297 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  63.58 
 
 		 328 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  63.58 
 
 		 297 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  63.25 
 
 		 298 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  63.58 
 
 		 328 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  62.07 
 
 		 313 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  59.73 
 
 		 334 aa  364  1e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  61.54 
 
 		 302 aa  364  1e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  59.33 
 
 		 299 aa  363  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  61.19 
 
 		 302 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  62.95 
 
 		 302 aa  360  2e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  59.66 
 
 		 299 aa  358  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  64 
 
 		 297 aa  358  6e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  64.36 
 
 		 297 aa  358  6e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  63.27 
 
 		 297 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  60.42 
 
 		 299 aa  351  7e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  59.46 
 
 		 299 aa  350  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  58.59 
 
 		 298 aa  347  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  58.92 
 
 		 298 aa  346  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  60.07 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  59.01 
 
 		 297 aa  341  8e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  55.26 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  55.26 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  55.26 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  56.04 
 
 		 301 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  56.81 
 
 		 302 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  57.68 
 
 		 302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  56.67 
 
 		 301 aa  331  8e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  57.68 
 
 		 302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  57.68 
 
 		 302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  57.68 
 
 		 302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  60.29 
 
 		 302 aa  330  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  57.54 
 
 		 301 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  60.29 
 
 		 302 aa  330  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  60.29 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  60.29 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  57.82 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  60.29 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  59.19 
 
 		 298 aa  329  3e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  59.93 
 
 		 302 aa  328  7e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  59.93 
 
 		 302 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  59.56 
 
 		 302 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  57.04 
 
 		 301 aa  325  5e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  55.21 
 
 		 291 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  56.12 
 
 		 330 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  54.76 
 
 		 306 aa  318  9e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  55.56 
 
 		 306 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  53.47 
 
 		 302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  55.27 
 
 		 312 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  52.49 
 
 		 302 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  56.32 
 
 		 307 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  56.78 
 
 		 307 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  56.62 
 
 		 302 aa  309  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  55.89 
 
 		 306 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  56.57 
 
 		 308 aa  308  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  51.86 
 
 		 298 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  52.53 
 
 		 298 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  51.18 
 
 		 298 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  55.56 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  55.56 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  51.86 
 
 		 298 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.64 
 
 		 299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  54.11 
 
 		 302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  53.55 
 
 		 299 aa  305  7e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  52.98 
 
 		 299 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  52.98 
 
 		 359 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  52.98 
 
 		 299 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  52.98 
 
 		 299 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  52.98 
 
 		 299 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  52.98 
 
 		 298 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  52.98 
 
 		 298 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  52.73 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  52.73 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  52.73 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  53.12 
 
 		 301 aa  300  3e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  51.04 
 
 		 301 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  50.36 
 
 		 303 aa  285  5e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  48.68 
 
 		 303 aa  285  5e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  50.9 
 
 		 302 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  48.67 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  49.49 
 
 		 296 aa  282  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>