More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3908 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 333 aa  687    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  95.7 
 
 		 308 aa  577  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  90.13 
 
 		 304 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  80.33 
 
 		 302 aa  510  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  79.67 
 
 		 302 aa  508  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  75.67 
 
 		 302 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  78.5 
 
 		 306 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  78.5 
 
 		 305 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  78.5 
 
 		 305 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  78.18 
 
 		 305 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  71.85 
 
 		 304 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  68.4 
 
 		 319 aa  404  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  67.77 
 
 		 330 aa  403  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  67.01 
 
 		 297 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 		 297 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 		 297 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  67.01 
 
 		 297 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  62.41 
 
 		 334 aa  391  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  68.59 
 
 		 297 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  68.23 
 
 		 297 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  68.23 
 
 		 297 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  67.15 
 
 		 328 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  67.15 
 
 		 297 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  66.79 
 
 		 298 aa  384  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  67.15 
 
 		 328 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  65.7 
 
 		 297 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  63.27 
 
 		 313 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  64.98 
 
 		 297 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  62.21 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  63.23 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  62.64 
 
 		 299 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  64.98 
 
 		 297 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  61.4 
 
 		 299 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  62.32 
 
 		 302 aa  363  2e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  64.52 
 
 		 302 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  64.16 
 
 		 302 aa  360  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  59.45 
 
 		 300 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  59.79 
 
 		 298 aa  344  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  59.25 
 
 		 298 aa  343  2e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  60.14 
 
 		 297 aa  342  5e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  60.87 
 
 		 298 aa  341  8e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  59.51 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  61.48 
 
 		 301 aa  339  4e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  56.23 
 
 		 302 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  56.23 
 
 		 302 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  56.23 
 
 		 302 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  56.23 
 
 		 302 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  56.23 
 
 		 302 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  58.16 
 
 		 312 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  60.37 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  60.37 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  59.93 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  60.37 
 
 		 302 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  60.37 
 
 		 302 aa  333  3e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  60 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  60 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  59.63 
 
 		 302 aa  329  4e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  58.15 
 
 		 305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  58.15 
 
 		 305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  58.15 
 
 		 305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  54.73 
 
 		 301 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  55.48 
 
 		 301 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  52.23 
 
 		 330 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.38 
 
 		 301 aa  316  3e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  52.92 
 
 		 291 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  52.48 
 
 		 306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  52.54 
 
 		 301 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  53.6 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  51.84 
 
 		 302 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  56.43 
 
 		 308 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  52.7 
 
 		 301 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  51.2 
 
 		 298 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  50.52 
 
 		 298 aa  305  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  51.2 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  54.41 
 
 		 359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  52.38 
 
 		 298 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  54.41 
 
 		 298 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  54.41 
 
 		 298 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  56.32 
 
 		 307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  54.41 
 
 		 299 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  53.38 
 
 		 306 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  54.41 
 
 		 299 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  54.41 
 
 		 299 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  54.41 
 
 		 299 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  55.19 
 
 		 302 aa  301  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  52.92 
 
 		 302 aa  301  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  56.43 
 
 		 307 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  50.92 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  50.92 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  50.92 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.68 
 
 		 299 aa  299  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  54.44 
 
 		 302 aa  298  7e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  53.77 
 
 		 306 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  53.22 
 
 		 306 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  53.22 
 
 		 306 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  49.33 
 
 		 299 aa  293  3e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2829  extracellular solute-binding protein family 3  47.47 
 
 		 324 aa  291  9e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.0146067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 303 aa  291  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  50 
 
 		 303 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  51.09 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>