More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2466 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
307 aa  635    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  98.7 
 
 
307 aa  628  1e-179  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  89.94 
 
 
308 aa  547  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  69.34 
 
 
302 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  60.07 
 
 
297 aa  358  4e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  60.21 
 
 
297 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.93 
 
 
298 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  59.86 
 
 
297 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  59.86 
 
 
297 aa  355  5e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  59.23 
 
 
297 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.38 
 
 
328 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  59.58 
 
 
297 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.38 
 
 
328 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  59.58 
 
 
297 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  59.23 
 
 
297 aa  352  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  59.73 
 
 
299 aa  351  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  59.72 
 
 
297 aa  351  8e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  59.72 
 
 
297 aa  351  8e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  59.72 
 
 
297 aa  350  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  57.98 
 
 
313 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  59.2 
 
 
299 aa  347  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  58.8 
 
 
302 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  58.45 
 
 
302 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  57.04 
 
 
298 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  56.7 
 
 
298 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  59.41 
 
 
298 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  58.93 
 
 
298 aa  334  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  58.3 
 
 
298 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  58.3 
 
 
298 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  58.3 
 
 
298 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  56.36 
 
 
298 aa  332  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  58.46 
 
 
359 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  60.95 
 
 
298 aa  332  4e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  57.14 
 
 
298 aa  332  5e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  58.46 
 
 
298 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  58.46 
 
 
299 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  58.46 
 
 
299 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  58.46 
 
 
298 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  58.46 
 
 
299 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  58.46 
 
 
299 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  56.8 
 
 
302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  56.8 
 
 
302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  56.8 
 
 
302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  56.8 
 
 
302 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  56.8 
 
 
302 aa  331  9e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  57.25 
 
 
299 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  55.12 
 
 
305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  55.12 
 
 
305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  57.35 
 
 
299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  55.12 
 
 
305 aa  327  1.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  56.61 
 
 
298 aa  326  4.0000000000000003e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  58.82 
 
 
302 aa  325  5e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  58.82 
 
 
302 aa  325  5e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  58.82 
 
 
302 aa  325  6e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  58.82 
 
 
302 aa  325  7e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  58.82 
 
 
302 aa  325  7e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  56.69 
 
 
297 aa  324  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  58.46 
 
 
302 aa  323  3e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  55.74 
 
 
301 aa  322  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  57.71 
 
 
302 aa  322  4e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  58.46 
 
 
302 aa  322  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  55.07 
 
 
302 aa  321  8e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  58.09 
 
 
302 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  50.84 
 
 
302 aa  316  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.68 
 
 
306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  56.32 
 
 
305 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  53.18 
 
 
319 aa  310  2e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  51.69 
 
 
302 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  55 
 
 
330 aa  310  2e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  50.86 
 
 
291 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.86 
 
 
308 aa  309  4e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.69 
 
 
301 aa  308  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  51.16 
 
 
301 aa  308  6.999999999999999e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  55.96 
 
 
305 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  56.32 
 
 
305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  55.23 
 
 
333 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  58.57 
 
 
304 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  54.58 
 
 
302 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  50.51 
 
 
330 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  54.58 
 
 
302 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  50.51 
 
 
306 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  51.92 
 
 
301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  51.17 
 
 
302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  53.57 
 
 
334 aa  303  4.0000000000000003e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  52.52 
 
 
312 aa  299  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  50.51 
 
 
306 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  50.51 
 
 
306 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  50.51 
 
 
306 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  51.02 
 
 
306 aa  296  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  55.4 
 
 
295 aa  296  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  53.02 
 
 
304 aa  295  5e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  52.8 
 
 
296 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  50.16 
 
 
299 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5110  extracellular solute-binding protein family 3  50.34 
 
 
295 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738161 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  49.52 
 
 
299 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0906  extracellular solute-binding protein  50.72 
 
 
304 aa  286  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.425834  normal  0.179529 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2829  extracellular solute-binding protein family 3  46.6 
 
 
324 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.0146067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  48.7 
 
 
300 aa  276  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  49.16 
 
 
295 aa  276  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  52.1 
 
 
304 aa  275  7e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>