More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5026 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  63.07 
 
 		 298 aa  386  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  60 
 
 		 300 aa  361  7.0000000000000005e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  63.48 
 
 		 300 aa  349  3e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  62.91 
 
 		 298 aa  347  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  58.78 
 
 		 299 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  60.43 
 
 		 300 aa  337  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  59.86 
 
 		 299 aa  334  9e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  58.84 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  53.29 
 
 		 304 aa  330  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  59.47 
 
 		 299 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  57.72 
 
 		 373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  57.39 
 
 		 297 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 299 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0659  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  48.99 
 
 		 302 aa  279  4e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147361  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0691  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  48.99 
 
 		 302 aa  279  4e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000300559  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0658  putative glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein/periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  50.54 
 
 		 460 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000641362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  50 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  47.1 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0788  extracellular solute-binding protein  51.04 
 
 		 358 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00176914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  47.41 
 
 		 295 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  45.17 
 
 		 305 aa  249  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  44.26 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  42.96 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  44.4 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  47.1 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  43.24 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  44.81 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.67 
 
 		 328 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.67 
 
 		 328 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  42.16 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  40.74 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  41.05 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.81 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  41.16 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.81 
 
 		 297 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  41.69 
 
 		 330 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  41.69 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  38.8 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.07 
 
 		 297 aa  217  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  41.36 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  42.71 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  41.01 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  39.18 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  41.33 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.26 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  41.08 
 
 		 302 aa  215  9e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  41.7 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 		 306 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 		 306 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  39.58 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  42.32 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  39.5 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  39.58 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 		 330 aa  212  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.11 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  38.54 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.18 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  39.5 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  39.86 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  39.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.7 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 303 aa  208  7e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  37.5 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  37.87 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  39.13 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  38.93 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  37.04 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  37.59 
 
 		 291 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3563  extracellular solute-binding protein  38.35 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.332413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 		 311 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  42.09 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.75 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  40.07 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  38.52 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  37.24 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4583  glutamate/aspartate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  40.81 
 
 		 304 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.8955  decreased coverage  0.00199709 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  39.3 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>