More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1364 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
299 aa  612  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  92.64 
 
 
299 aa  550  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  90.64 
 
 
299 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  82.72 
 
 
373 aa  499  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  80.6 
 
 
300 aa  473  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  74.33 
 
 
300 aa  448  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  77.42 
 
 
300 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  71.67 
 
 
298 aa  440  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  71.13 
 
 
298 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  66 
 
 
299 aa  401  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  66.67 
 
 
297 aa  381  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  64.87 
 
 
304 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0691  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  61.99 
 
 
302 aa  369  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000300559  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0659  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  61.99 
 
 
302 aa  369  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147361  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0658  putative glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein/periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  62.37 
 
 
460 aa  363  2e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000641362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  61.01 
 
 
303 aa  343  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  55.44 
 
 
299 aa  323  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  54.01 
 
 
301 aa  302  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  51.02 
 
 
296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  52.75 
 
 
295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  48.9 
 
 
305 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  47.78 
 
 
298 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0788  extracellular solute-binding protein  51.87 
 
 
358 aa  268  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00176914  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  47.78 
 
 
297 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  47.78 
 
 
328 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  47.78 
 
 
328 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  50.72 
 
 
304 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  47.47 
 
 
297 aa  265  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  46.08 
 
 
294 aa  265  8e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  47.65 
 
 
297 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 
297 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 
297 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  48.7 
 
 
293 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 
297 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  47.42 
 
 
297 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  46.64 
 
 
297 aa  255  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  45.39 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  44.56 
 
 
297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  45.73 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  45.33 
 
 
302 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
298 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 
298 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 
305 aa  248  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  45.8 
 
 
299 aa  248  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.04 
 
 
297 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  46.04 
 
 
297 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  45.39 
 
 
307 aa  246  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  43.49 
 
 
306 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  45.68 
 
 
297 aa  245  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  45.04 
 
 
307 aa  244  9e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  45.02 
 
 
299 aa  244  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  43.77 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 
330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  43.73 
 
 
298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  45.05 
 
 
301 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 
298 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 
298 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 
298 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 
298 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  43.49 
 
 
306 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.03 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  43.94 
 
 
299 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  45.02 
 
 
302 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  42.27 
 
 
291 aa  239  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  44.4 
 
 
302 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 
302 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  43.73 
 
 
330 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  44.13 
 
 
334 aa  238  1e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  44.65 
 
 
302 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  42.95 
 
 
302 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  43.34 
 
 
301 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  42.37 
 
 
319 aa  236  4e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  43.62 
 
 
298 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  42.81 
 
 
306 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  42.81 
 
 
306 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  42.47 
 
 
302 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  42.47 
 
 
302 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  42.47 
 
 
302 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  42.81 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.22 
 
 
359 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  44.22 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.22 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  44.44 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  42.14 
 
 
302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  44.22 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  44.22 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  44.07 
 
 
303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  43.54 
 
 
302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  43.59 
 
 
302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  42.14 
 
 
302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.22 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  44.22 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 
304 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  41.06 
 
 
305 aa  233  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  41.06 
 
 
305 aa  233  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  41.06 
 
 
305 aa  233  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  40.89 
 
 
301 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  43.2 
 
 
302 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  41.58 
 
 
297 aa  232  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>