More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3601 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 304 aa  624  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  82.12 
 
 		 305 aa  494  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  55.24 
 
 		 298 aa  314  9e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  51.54 
 
 		 297 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  55.88 
 
 		 295 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  53.24 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  50.52 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  50.33 
 
 		 328 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  50.33 
 
 		 328 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  51.88 
 
 		 305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  53.24 
 
 		 297 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  53.08 
 
 		 297 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  53.55 
 
 		 296 aa  301  9e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  52.96 
 
 		 297 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  52.58 
 
 		 297 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  49.83 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  52.74 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  52.74 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  50.17 
 
 		 298 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  51.89 
 
 		 297 aa  299  4e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  52.63 
 
 		 295 aa  298  5e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  49.66 
 
 		 299 aa  298  9e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.63 
 
 		 308 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  52.23 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  49.32 
 
 		 299 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  53.29 
 
 		 304 aa  297  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  49.65 
 
 		 298 aa  296  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  50.93 
 
 		 298 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  50.93 
 
 		 298 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  49.83 
 
 		 299 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  50.93 
 
 		 298 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  50.54 
 
 		 297 aa  295  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  50.9 
 
 		 297 aa  295  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  53.87 
 
 		 302 aa  295  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  50.54 
 
 		 297 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  52.45 
 
 		 307 aa  292  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  56.88 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.85 
 
 		 359 aa  291  9e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.85 
 
 		 298 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  52.1 
 
 		 307 aa  290  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.85 
 
 		 298 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  51.85 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  51.85 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  51.85 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  51.85 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  50.18 
 
 		 330 aa  290  3e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  54.61 
 
 		 299 aa  290  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  51.8 
 
 		 299 aa  288  8e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  47.84 
 
 		 302 aa  288  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.64 
 
 		 313 aa  287  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  51.3 
 
 		 302 aa  287  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  50.37 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  48.97 
 
 		 299 aa  286  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50 
 
 		 308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 		 301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  49.09 
 
 		 303 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  49.82 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  54.78 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  49.3 
 
 		 302 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  53.45 
 
 		 298 aa  281  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  48.94 
 
 		 302 aa  281  9e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  48.61 
 
 		 333 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  46.62 
 
 		 302 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  50.17 
 
 		 300 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  47.35 
 
 		 301 aa  279  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  54.95 
 
 		 297 aa  279  5e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  49.08 
 
 		 303 aa  278  6e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  51.46 
 
 		 304 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 		 305 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  47.22 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  48.74 
 
 		 299 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  48.76 
 
 		 294 aa  276  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  48.03 
 
 		 302 aa  275  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  49.81 
 
 		 293 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.54 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  47.67 
 
 		 302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  52.08 
 
 		 299 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  50.54 
 
 		 305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  48.18 
 
 		 334 aa  274  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  43.94 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  50.54 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  50.19 
 
 		 301 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  47.9 
 
 		 298 aa  271  8.000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  48.56 
 
 		 297 aa  271  8.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  45.73 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  46.34 
 
 		 299 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  49.82 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  47.04 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  45.27 
 
 		 330 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  48.4 
 
 		 298 aa  269  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  51.39 
 
 		 299 aa  268  7e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  45.76 
 
 		 301 aa  267  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  46.26 
 
 		 300 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  45.96 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  49.64 
 
 		 299 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  50.35 
 
 		 299 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  49.26 
 
 		 302 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  49.26 
 
 		 302 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>