More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0828 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 300 aa  612  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  81.94 
 
 		 300 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  76.92 
 
 		 299 aa  462  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  76.59 
 
 		 299 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  76.25 
 
 		 299 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  75.08 
 
 		 373 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  77.46 
 
 		 298 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  72.33 
 
 		 298 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  70.67 
 
 		 299 aa  430  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  69.67 
 
 		 300 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  68.82 
 
 		 304 aa  398  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  66.78 
 
 		 297 aa  388  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0659  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.93 
 
 		 302 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147361  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0691  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.93 
 
 		 302 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000300559  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0658  putative glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein/periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  61.65 
 
 		 460 aa  351  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000641362  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  60.43 
 
 		 303 aa  350  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  53.87 
 
 		 299 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  53.09 
 
 		 301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 		 305 aa  288  9e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  54.71 
 
 		 304 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0788  extracellular solute-binding protein  53.53 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00176914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  50.55 
 
 		 295 aa  271  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  48.23 
 
 		 297 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  47.77 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  48.98 
 
 		 296 aa  269  4e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  49.66 
 
 		 298 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  49.66 
 
 		 297 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  49.66 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  49.66 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  49.66 
 
 		 297 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  49.15 
 
 		 297 aa  262  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  48.81 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  48.81 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  48.47 
 
 		 297 aa  259  6e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  47.97 
 
 		 297 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.93 
 
 		 308 aa  256  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  47.74 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  46.42 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  47.3 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  45.73 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  45.91 
 
 		 294 aa  252  5.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.97 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  45.7 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  47.16 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  47.99 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  43.49 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  44.26 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  47.04 
 
 		 295 aa  246  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  44.3 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  44.18 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  47.62 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  43.7 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  43.99 
 
 		 291 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  43 
 
 		 301 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  47.12 
 
 		 297 aa  245  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 330 aa  244  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  46.76 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  45.52 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  48.21 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  44.07 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  47.12 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  45.08 
 
 		 298 aa  242  5e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 293 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  47.86 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  45.16 
 
 		 330 aa  241  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  42.66 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  43.7 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  43.99 
 
 		 319 aa  240  2e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  44.78 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  43.4 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 306 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  44.13 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.66 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  42.71 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  42.65 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  43.2 
 
 		 304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  41.5 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  42.01 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  43.14 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  43.14 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  43.14 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  44.68 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 		 333 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  46.04 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  43.1 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  42.81 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  43.56 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  43.14 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  43.56 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  43.56 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.46 
 
 		 308 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>