More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2688 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 300 aa  619  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  75.5 
 
 		 298 aa  483  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  74.83 
 
 		 373 aa  444  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  73.33 
 
 		 299 aa  442  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  73.33 
 
 		 299 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  74.33 
 
 		 299 aa  437  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  72.6 
 
 		 300 aa  428  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  72.5 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  68.67 
 
 		 299 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  70.11 
 
 		 298 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  63.12 
 
 		 304 aa  403  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  63.33 
 
 		 297 aa  386  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  62.77 
 
 		 303 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0691  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.73 
 
 		 302 aa  354  1e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000300559  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0659  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  59.73 
 
 		 302 aa  354  1e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147361  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0658  putative glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein/periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  61.84 
 
 		 460 aa  352  4e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000641362  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  54.93 
 
 		 299 aa  344  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  56.88 
 
 		 301 aa  332  6e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  48.3 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0788  extracellular solute-binding protein  43.26 
 
 		 358 aa  288  5.0000000000000004e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00176914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  50.92 
 
 		 295 aa  288  6e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  48.46 
 
 		 295 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  50.75 
 
 		 305 aa  281  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  46.76 
 
 		 294 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  48.81 
 
 		 297 aa  279  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  50.54 
 
 		 304 aa  274  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  48.65 
 
 		 328 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  48.65 
 
 		 328 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  48.47 
 
 		 297 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  48.14 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  47.8 
 
 		 297 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  47.96 
 
 		 297 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  47.46 
 
 		 297 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  47.46 
 
 		 297 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  45.89 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  44.33 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  48.52 
 
 		 293 aa  261  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  44.98 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  46.43 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  43.05 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  44.93 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  46.64 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  44.52 
 
 		 301 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  44.67 
 
 		 299 aa  255  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  46.29 
 
 		 297 aa  254  8e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  41.2 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  43.59 
 
 		 330 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  45.15 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  43.6 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  43.49 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  43.6 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  44.78 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  44.44 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  45.88 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  43.4 
 
 		 298 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  45.52 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  41.84 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  42.09 
 
 		 330 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  44.96 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 		 334 aa  246  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  43.2 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  44.96 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  42.66 
 
 		 302 aa  245  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  41.61 
 
 		 302 aa  245  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.01 
 
 		 308 aa  244  9e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  43.66 
 
 		 298 aa  244  9e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.07 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.36 
 
 		 306 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 		 289 aa  242  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.72 
 
 		 313 aa  242  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  43.6 
 
 		 298 aa  242  6e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  43.05 
 
 		 302 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  45.42 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  40.82 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  42.18 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  45.09 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  42.18 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  42.18 
 
 		 306 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  45.09 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  45.76 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.76 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.76 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  45.76 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  43.24 
 
 		 302 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.76 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  45.76 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.76 
 
 		 359 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  44.36 
 
 		 305 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  44.81 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  44.81 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  44.81 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  44.81 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  44.81 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  42.91 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>