More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0311 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0311  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 301 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  67.56 
 
 		 299 aa  425  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0788  extracellular solute-binding protein  61.17 
 
 		 358 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00176914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  55.48 
 
 		 298 aa  335  7.999999999999999e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2688  extracellular solute-binding protein  55.63 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.606467 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  51.8 
 
 		 304 aa  320  3e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3458  extracellular solute-binding protein  53.44 
 
 		 299 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3904  extracellular solute-binding protein  53.15 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000111161  normal  0.107896 
 
 
 
NC_008786  Veis_1219  extracellular solute-binding protein  51.48 
 
 		 373 aa  305  8.000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4073  extracellular solute-binding protein  54.84 
 
 		 300 aa  300  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.618665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0609  extracellular solute-binding protein  52.33 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.157443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0588  extracellular solute-binding protein family 3  52.33 
 
 		 299 aa  299  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1364  extracellular solute-binding protein  53 
 
 		 299 aa  295  8e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0828  extracellular solute-binding protein family 3  52.88 
 
 		 300 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0443  amino-acid ABC transporter binding protein  51.58 
 
 		 297 aa  289  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.398144  normal  0.303306 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0659  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.9 
 
 		 302 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147361  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0691  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.9 
 
 		 302 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000300559  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  50 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0658  putative glutamate/aspartate ABC transporter, permease protein/periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  48 
 
 		 460 aa  267  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000641362  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  45.95 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  49.82 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  48.35 
 
 		 295 aa  260  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  46 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  47.04 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  46.36 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 297 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 297 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  45.79 
 
 		 297 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  46.13 
 
 		 297 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  45.64 
 
 		 295 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.12 
 
 		 298 aa  248  9e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  42.66 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  45.12 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.12 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  45.12 
 
 		 328 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  45.17 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  44.11 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  44.11 
 
 		 330 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  45.42 
 
 		 330 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  43.34 
 
 		 319 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  43.29 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  44.83 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  44.83 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  41.24 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  43.3 
 
 		 301 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  44.83 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  43.7 
 
 		 289 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  41.53 
 
 		 298 aa  236  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  40.8 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  42.14 
 
 		 298 aa  235  7e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  44.06 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  42.66 
 
 		 334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  40.94 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  43.71 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  40.67 
 
 		 291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.7 
 
 		 308 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  43.3 
 
 		 333 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  41.36 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  43.36 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  41.53 
 
 		 301 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  40.79 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  41.54 
 
 		 301 aa  229  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  42.14 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  41.81 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  41.02 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  40.8 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  40.83 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  42 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  41.64 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  42.22 
 
 		 293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  43.27 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  42 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  41.54 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.12 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.41 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  44.81 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6783  extracellular solute-binding protein family 3  39.02 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  41.91 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.86 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 305 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6147  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 		 298 aa  221  8e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  39.79 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  41.7 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  39.8 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  39.79 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  42.28 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  40.78 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  40.73 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>