More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2257 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  100 
 
 		 284 aa  580  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  82.56 
 
 		 281 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  82.56 
 
 		 281 aa  461  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  74.37 
 
 		 282 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  63.57 
 
 		 275 aa  337  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  44.78 
 
 		 271 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  44.66 
 
 		 267 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  42.97 
 
 		 271 aa  208  8e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  44.23 
 
 		 273 aa  202  6e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  44.27 
 
 		 270 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  39.19 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  42.23 
 
 		 272 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 267 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  36.54 
 
 		 278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 		 276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  37.7 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.21 
 
 		 277 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  37.45 
 
 		 278 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  36.51 
 
 		 279 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  34.23 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  35.29 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.34 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.93 
 
 		 284 aa  159  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  36.93 
 
 		 284 aa  159  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  33.85 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 271 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  34.51 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.11 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 271 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  34.35 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.92 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  33.6 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.98 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  37.15 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  36.36 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  33.61 
 
 		 280 aa  148  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 275 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  34.63 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  34.63 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  34.6 
 
 		 286 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2029  extracellular solute-binding protein family 3  29.78 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00497658  hitchhiker  0.00148627 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.34 
 
 		 276 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  34.02 
 
 		 281 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.91 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  34.91 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.91 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.91 
 
 		 276 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2261  putative amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.29 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.326987 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.48 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.48 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  34.48 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.48 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  34.52 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  34.52 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5673  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  32.82 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  33.6 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  32.54 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  33.58 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 330 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  32.14 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  31.99 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  33.97 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.7 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1512  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 		 276 aa  120  3.9999999999999996e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3563  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.332413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.44 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  33.22 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  31.48 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  31.15 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  33.07 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  31.15 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  32.98 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>