More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3508 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
319 aa  640    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37210  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  49.85 
 
 
324 aa  295  8e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.734714  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4395  extracellular solute-binding protein family 3  50.53 
 
 
340 aa  288  7e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0531  extracellular solute-binding protein  47.34 
 
 
331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10416  glutamine-binding lipoprotein glnH  49.45 
 
 
328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000397853  normal  0.816893 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0541  extracellular solute-binding protein  47.02 
 
 
331 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169713  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0553  extracellular solute-binding protein  47.02 
 
 
331 aa  273  3e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.104829  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3754  extracellular solute-binding protein family 3  44.89 
 
 
326 aa  272  5.000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.807307  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0201  extracellular solute-binding protein  45.73 
 
 
324 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.241493  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0704  extracellular solute-binding protein  46.69 
 
 
332 aa  268  8e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.721157  normal  0.0331446 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3062  extracellular solute-binding protein family 3  46.3 
 
 
318 aa  249  3e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000243689 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4553  extracellular solute-binding protein family 3  46.76 
 
 
323 aa  249  6e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.284886 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4942  extracellular solute-binding protein  47.2 
 
 
341 aa  241  7.999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.997084 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2423  extracellular solute-binding protein  49.41 
 
 
343 aa  225  9e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0450755  normal  0.051876 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  39.11 
 
 
275 aa  206  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  39.5 
 
 
276 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  39.5 
 
 
276 aa  205  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  39.5 
 
 
276 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  39.5 
 
 
276 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  39.5 
 
 
276 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  39.5 
 
 
276 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  40 
 
 
276 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  40 
 
 
276 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  40 
 
 
276 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  40.43 
 
 
276 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  37.45 
 
 
286 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2813  extracellular solute-binding protein  45.14 
 
 
319 aa  189  4e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243067  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  37.45 
 
 
281 aa  189  7e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1449  extracellular solute-binding protein family 3  37.01 
 
 
295 aa  165  8e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4887  extracellular solute-binding protein family 3  37.14 
 
 
315 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 
323 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1550  extracellular solute-binding protein family 3  37.14 
 
 
294 aa  151  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.82369  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3520  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 
296 aa  149  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0548658  normal  0.231474 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2459  extracellular solute-binding protein  37.59 
 
 
385 aa  149  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0529514  normal  0.605436 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.42 
 
 
273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27710  amino acid-binding protein  38.14 
 
 
304 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.620875 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2464  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 
338 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00586162  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.49 
 
 
277 aa  147  3e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1512  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2159  extracellular solute-binding protein family 3  37.59 
 
 
355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1497  extracellular solute-binding protein family 3  36.03 
 
 
305 aa  145  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 
271 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6294  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
305 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102459  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  35.19 
 
 
273 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1935  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.51 
 
 
288 aa  139  4.999999999999999e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1633  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.35 
 
 
287 aa  139  6e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  32.92 
 
 
271 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1590  extracellular solute-binding protein family 3  35.43 
 
 
282 aa  138  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000563013  normal  0.528565 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1430  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 
294 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0320804 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3913  extracellular solute-binding protein family 3  33.87 
 
 
296 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 
270 aa  136  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36870  amino acid-binding protein  34.82 
 
 
290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.567657  normal  0.765232 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1124  extracellular solute-binding protein family 3  35.88 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.901238  normal  0.221919 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0021  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.78 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.43972  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22730  amino acid-binding protein  36.41 
 
 
290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.718318  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6801  extracellular solute-binding protein family 3  35.51 
 
 
275 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3988  extracellular solute-binding protein family 3  35.83 
 
 
321 aa  129  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0701044 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1470  extracellular solute-binding protein family 3  35.98 
 
 
274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.506058  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1043  extracellular solute-binding protein family 3  31.47 
 
 
278 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1394  extracellular solute-binding protein  34.47 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.041771 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0787  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 
277 aa  126  5e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2444  extracellular solute-binding protein family 3  36.82 
 
 
294 aa  126  6e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.474573  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2155  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
275 aa  125  9e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2201  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
275 aa  125  9e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.51731  normal  0.0309221 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2142  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
275 aa  125  9e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.332487  hitchhiker  0.00274771 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15430  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  35.78 
 
 
297 aa  125  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0169266  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1593  extracellular solute-binding protein family 3  37.33 
 
 
278 aa  125  1e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4307  family 1 extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
292 aa  124  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0186  extracellular solute-binding protein family 3  36.68 
 
 
279 aa  124  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3969  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
279 aa  122  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.62818  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3287  extracellular solute-binding protein family 3  31.95 
 
 
290 aa  122  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00463903  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1790  extracellular solute-binding protein family 3  31.84 
 
 
323 aa  122  9e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07790  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  34.96 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
282 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2222  glutamine ABC transporter (glutamine-binding protein)  33.75 
 
 
269 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3756  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2522  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 
295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000888885 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2802  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 
294 aa  120  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.228556  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3984  extracellular solute-binding protein family 3  30.96 
 
 
323 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
250 aa  120  3.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2427  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
279 aa  119  6e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.45539  normal  0.110976 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 
295 aa  119  9e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.22 
 
 
248 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4387  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 
318 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.974956  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1246  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 
282 aa  117  3e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1138  extracellular solute-binding protein family 3  34.89 
 
 
255 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  31.9 
 
 
265 aa  116  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1168  extracellular solute-binding protein family 3  34.89 
 
 
255 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.96 
 
 
286 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.3 
 
 
248 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  31.17 
 
 
271 aa  115  7.999999999999999e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  32.76 
 
 
284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3321  extracellular solute-binding protein family 3  31.33 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  29.55 
 
 
286 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32.27 
 
 
277 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 
268 aa  113  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.74 
 
 
262 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5258  extracellular solute-binding protein family 3  29.55 
 
 
279 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.677856  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>