137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3879 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 235 aa  484  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  29.3 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  29.73 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 236 aa  87.4  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  27.6 
 
 		 271 aa  86.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  29.31 
 
 		 254 aa  85.1  8e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  33.33 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 265 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  31.2 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.43 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  28.63 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  29.18 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  27.57 
 
 		 265 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25.57 
 
 		 250 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 251 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.38 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  24.78 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.46 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  28.82 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  31.41 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  26.67 
 
 		 269 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  27.7 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  24.66 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 275 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25.83 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  25.69 
 
 		 248 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.4 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  25.69 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.83 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  25.75 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.62 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  27.51 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  26.54 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  24.6 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  26.7 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  24.79 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  24.79 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  28 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.02 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  27.06 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  27.06 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  27.06 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 257 aa  62  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 286 aa  61.6  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  29.55 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  27.71 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  25.95 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  25.95 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.27 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.11 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.98 
 
 		 264 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  25.43 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  20.93 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  28.12 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  31.19 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24.44 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  25.97 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 262 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 		 268 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.96 
 
 		 259 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 262 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0123  hypothetical protein  24.6 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.289179 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  21.46 
 
 		 254 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.55 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 244 aa  52  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  25.56 
 
 		 247 aa  51.6  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  25.98 
 
 		 255 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  25.16 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  27.17 
 
 		 1574 aa  50.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2973  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25 
 
 		 251 aa  50.4  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 258 aa  50.1  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  23.66 
 
 		 263 aa  49.7  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  19.75 
 
 		 270 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.18 
 
 		 259 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  24.86 
 
 		 265 aa  49.3  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.11 
 
 		 1055 aa  48.9  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  24.05 
 
 		 248 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  24.05 
 
 		 248 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  24.05 
 
 		 248 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.93 
 
 		 401 aa  47  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  25.84 
 
 		 259 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>