97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1008 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  100 
 
 		 259 aa  535  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  46.12 
 
 		 250 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  52.25 
 
 		 274 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  48.59 
 
 		 274 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  51.8 
 
 		 274 aa  238  5e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  48.59 
 
 		 274 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  48.05 
 
 		 272 aa  234  9e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  52.51 
 
 		 272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  52.05 
 
 		 272 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  47.23 
 
 		 270 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  50 
 
 		 303 aa  228  5e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  50 
 
 		 273 aa  222  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  51.57 
 
 		 271 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  44.76 
 
 		 269 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  46.32 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  39.35 
 
 		 259 aa  148  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  28.38 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  26.11 
 
 		 255 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.4 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  24.42 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  28.7 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.87 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  29.15 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.67 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  28.1 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.32 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  26.14 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  24.9 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24.19 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  25.31 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.31 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  27.05 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  24.69 
 
 		 247 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  24.28 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  22.09 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  23.77 
 
 		 247 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 258 aa  55.5  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  19.72 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  25.11 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 245 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  24.41 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  22 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  22.71 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  23.36 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.9 
 
 		 264 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  21.25 
 
 		 239 aa  48.9  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  23.68 
 
 		 247 aa  48.9  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.42 
 
 		 1047 aa  48.1  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.93 
 
 		 277 aa  48.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.02 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  24.26 
 
 		 258 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.11 
 
 		 253 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 232 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  24.07 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.53 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  26.47 
 
 		 268 aa  46.6  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  22.75 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1273  extracellular solute-binding protein family 3  22.05 
 
 		 250 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.757489  normal  0.0285776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3104  hypothetical protein  22.05 
 
 		 250 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796151  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3247  hypothetical protein  22.05 
 
 		 250 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3094  hypothetical protein  22.05 
 
 		 250 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 258 aa  45.8  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  25.1 
 
 		 269 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25.89 
 
 		 251 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 		 262 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  26.8 
 
 		 274 aa  45.4  0.0009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  22.63 
 
 		 251 aa  45.4  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  24.5 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  27.63 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5012  hypothetical protein  24 
 
 		 241 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 241 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.21 
 
 		 1047 aa  43.9  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 245 aa  43.5  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2944  hypothetical protein  24.27 
 
 		 246 aa  43.9  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.39 
 
 		 265 aa  43.5  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  27.23 
 
 		 285 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  21.15 
 
 		 712 aa  43.5  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  24.66 
 
 		 243 aa  42.7  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  24.32 
 
 		 264 aa  42.7  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  21.58 
 
 		 266 aa  42.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  23.2 
 
 		 254 aa  42  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 262 aa  42  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>