109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1419 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  100 
 
 		 268 aa  553  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  44.79 
 
 		 261 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  44.87 
 
 		 257 aa  224  9e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  43.62 
 
 		 267 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  28.28 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  30.21 
 
 		 245 aa  67  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  29.49 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.27 
 
 		 243 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  26.15 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 248 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  34.41 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  23.21 
 
 		 265 aa  53.5  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.01 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4554  hypothetical protein  26.37 
 
 		 243 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 252 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  26.06 
 
 		 830 aa  52  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  24.58 
 
 		 295 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 1080 aa  50.4  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  20.75 
 
 		 252 aa  49.7  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 266 aa  49.3  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.78 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2054  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 		 258 aa  48.1  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.179486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.59 
 
 		 1244 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2107  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.69 
 
 		 253 aa  48.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189301  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  27.27 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 275 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  23.36 
 
 		 1245 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.55 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  33 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 1055 aa  47.4  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  27.27 
 
 		 256 aa  47.4  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.88 
 
 		 1165 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1196  amino acid-binding protein  27.78 
 
 		 256 aa  47  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.166337  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1345  CjaC  22.68 
 
 		 259 aa  47  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000213382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 710 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 		 457 aa  46.6  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  26.47 
 
 		 259 aa  46.6  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  22.61 
 
 		 263 aa  45.8  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.73 
 
 		 264 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.84 
 
 		 289 aa  45.8  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.55 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.23 
 
 		 401 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.71 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  22.75 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 251 aa  45.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  35.11 
 
 		 618 aa  44.7  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  24.14 
 
 		 263 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.8 
 
 		 1248 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 292 aa  44.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2234  hypothetical protein  33.33 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  22.55 
 
 		 489 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  24.58 
 
 		 502 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  24.58 
 
 		 502 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.8 
 
 		 297 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.55 
 
 		 489 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  26.02 
 
 		 248 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.55 
 
 		 489 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 263 aa  44.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  23.36 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.89 
 
 		 263 aa  44.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  22.35 
 
 		 275 aa  43.9  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 279 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  24.57 
 
 		 275 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  25.29 
 
 		 483 aa  44.7  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  31.4 
 
 		 312 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  25.93 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  25.26 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  27.18 
 
 		 278 aa  43.9  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 262 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  26.59 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  25.78 
 
 		 248 aa  43.9  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  28.4 
 
 		 468 aa  43.5  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  24.18 
 
 		 256 aa  43.5  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 247 aa  43.5  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2509  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.86 
 
 		 248 aa  43.5  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000936361  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  31.96 
 
 		 258 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 272 aa  43.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  25.58 
 
 		 257 aa  43.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  23.43 
 
 		 264 aa  42.7  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 258 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 256 aa  42.7  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 263 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.66 
 
 		 258 aa  42.4  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>