211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1176 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 312 aa  621  1e-177  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.79 
 
 		 262 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  26.64 
 
 		 285 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  22.69 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 253 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  34.45 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  31.93 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.44 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  31.93 
 
 		 262 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.79 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0928  extracellular solute-binding protein family 3  27.35 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.78 
 
 		 243 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  21.43 
 
 		 258 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  28.4 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 1080 aa  58.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.75 
 
 		 1322 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 		 457 aa  57.4  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.63 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.25 
 
 		 1279 aa  56.6  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  20.81 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  23.67 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  41.43 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 270 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1055 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.27 
 
 		 912 aa  54.3  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.136005  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  23.04 
 
 		 263 aa  54.7  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.78 
 
 		 2213 aa  53.9  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2998  extracellular solute-binding protein family 3  30.63 
 
 		 273 aa  53.9  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.71 
 
 		 503 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 244 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 244 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.2 
 
 		 243 aa  53.9  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 244 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 250 aa  53.1  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 		 281 aa  53.5  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 		 2654 aa  53.1  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  20.93 
 
 		 274 aa  52.8  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  21.26 
 
 		 274 aa  53.1  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 286 aa  52.8  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 244 aa  52.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2011  extracellular solute-binding protein  27.32 
 
 		 282 aa  52.4  0.000009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.986691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  27.53 
 
 		 937 aa  52.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.82 
 
 		 263 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.19 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 265 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.77 
 
 		 267 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  23.28 
 
 		 268 aa  52.4  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  22.51 
 
 		 265 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  20.93 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2743  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0284405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 255 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 281 aa  51.6  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0469  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 250 aa  50.8  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.989783 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 266 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 		 247 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 		 270 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 928 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 242 aa  50.8  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 295 aa  50.1  0.00004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1134  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.64 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.276726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 222 aa  50.1  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  35.04 
 
 		 266 aa  50.1  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 		 256 aa  50.1  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  30.95 
 
 		 648 aa  50.1  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  28.81 
 
 		 297 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  20.6 
 
 		 274 aa  49.7  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  21.33 
 
 		 272 aa  49.7  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 262 aa  49.7  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24 
 
 		 243 aa  49.3  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  29.91 
 
 		 298 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 		 272 aa  49.3  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0178  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 299 aa  49.3  0.00009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2800  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 286 aa  49.3  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 275 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  19.52 
 
 		 303 aa  48.9  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.22 
 
 		 243 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 		 272 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  26.29 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  24.22 
 
 		 243 aa  48.5  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  23.38 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3922  extracellular solute-binding protein family 3  24.77 
 
 		 282 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.0650452 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  21 
 
 		 257 aa  48.9  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  24.22 
 
 		 243 aa  48.5  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0076  GGDEF domain-containing protein  32.63 
 
 		 941 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 285 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 245 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>