79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3857 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  100 
 
 		 255 aa  522  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  34.87 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  31.01 
 
 		 261 aa  135  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  28.28 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  29.13 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.97 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  26.19 
 
 		 259 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  28.69 
 
 		 736 aa  70.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  28.09 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  25.68 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  25.4 
 
 		 727 aa  67  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.75 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  23.17 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.75 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.75 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  26.75 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  22.92 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  24.55 
 
 		 264 aa  62  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  29.41 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  22.44 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 262 aa  58.5  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.79 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  24.88 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  22.33 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 270 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.08 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  25.99 
 
 		 257 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  31.39 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  26.24 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 286 aa  52.8  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 		 253 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  23.71 
 
 		 264 aa  52  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 236 aa  52  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  27.91 
 
 		 262 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.71 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 322 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  24.14 
 
 		 243 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 258 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  24.15 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  25.1 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  22.61 
 
 		 273 aa  50.4  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 268 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 253 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  24.12 
 
 		 260 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 257 aa  47  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 260 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 280 aa  47  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 263 aa  47  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 256 aa  47  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 251 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 272 aa  46.6  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  21.12 
 
 		 272 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 271 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  21.12 
 
 		 272 aa  45.8  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  21.2 
 
 		 263 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.82 
 
 		 255 aa  45.8  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  27.84 
 
 		 245 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.49 
 
 		 264 aa  44.7  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  23.08 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  24.37 
 
 		 297 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.41 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  23.42 
 
 		 285 aa  43.1  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.66 
 
 		 253 aa  43.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 246 aa  42.7  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  20.33 
 
 		 251 aa  42.7  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  22.31 
 
 		 270 aa  42  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>