57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2107 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2107  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 253 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1047  hypothetical protein  26.77 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4645  hypothetical protein  24.54 
 
 		 246 aa  78.6  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  21.8 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 		 270 aa  53.1  0.000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  36.36 
 
 		 278 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2993  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.62 
 
 		 249 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2896  hypothetical protein  26.89 
 
 		 249 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2813  hypothetical protein  26.89 
 
 		 249 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 		 276 aa  49.3  0.00006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.48 
 
 		 490 aa  49.3  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  32.18 
 
 		 244 aa  48.5  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2080  amino acid ABC transporter  25.56 
 
 		 261 aa  47  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  22.47 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1804  hypothetical protein  22.84 
 
 		 249 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.86185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  19.82 
 
 		 260 aa  45.8  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  19.69 
 
 		 244 aa  45.8  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.95 
 
 		 262 aa  45.4  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 		 457 aa  45.4  0.0008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  22.47 
 
 		 257 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  23.03 
 
 		 257 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 274 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  22.71 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  22.46 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  24.26 
 
 		 274 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  26.6 
 
 		 271 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  23.79 
 
 		 255 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 279 aa  43.9  0.003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  21.91 
 
 		 257 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  25.17 
 
 		 303 aa  43.9  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 		 259 aa  42.7  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.46 
 
 		 259 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0907  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.01 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.455944  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.55 
 
 		 401 aa  42.7  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 274 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  23.66 
 
 		 736 aa  42.7  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 248 aa  43.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0281  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 281 aa  43.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 274 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  22.7 
 
 		 251 aa  42.7  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1052  hypothetical protein  24.26 
 
 		 247 aa  42.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.81 
 
 		 245 aa  42.4  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  25 
 
 		 268 aa  42.4  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  19.78 
 
 		 259 aa  42  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 		 270 aa  42.4  0.008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 		 262 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.59 
 
 		 489 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11480  hypothetical protein  24.26 
 
 		 248 aa  42.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  19.78 
 
 		 259 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  19.41 
 
 		 265 aa  42  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0932  hypothetical protein  28.65 
 
 		 247 aa  42  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  24.18 
 
 		 238 aa  42  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 262 aa  42  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>