84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2540 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 265 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 265 aa  85.9  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  22.84 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  23.67 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  24.39 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1924  hypothetical protein  22.94 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1508  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118262  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  21.1 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 		 710 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  25.41 
 
 		 303 aa  55.5  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0117  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.24 
 
 		 254 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  22.34 
 
 		 273 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0854  extracellular solute-binding protein family 3  23.21 
 
 		 251 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0178983  normal  0.218059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.81 
 
 		 273 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 		 260 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.41 
 
 		 263 aa  52.4  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.08 
 
 		 2654 aa  50.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  21.81 
 
 		 273 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  25.13 
 
 		 596 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  25.45 
 
 		 599 aa  49.7  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.32 
 
 		 243 aa  49.7  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  24.56 
 
 		 597 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.84 
 
 		 270 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.04 
 
 		 245 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2107  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.14 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.34 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 		 584 aa  47.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 266 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  21.2 
 
 		 267 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 275 aa  46.2  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 		 277 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  18.85 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1047  hypothetical protein  24.44 
 
 		 258 aa  45.8  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  21.05 
 
 		 1251 aa  45.4  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5766  extracellular solute-binding protein  20.44 
 
 		 308 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645831 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  26.47 
 
 		 266 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.38 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  23.23 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.88 
 
 		 264 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1094  hypothetical protein  27.14 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.396494 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  21.95 
 
 		 274 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.35 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  23.88 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.88 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  23.88 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.88 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  23.88 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  24.75 
 
 		 255 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.38 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 255 aa  43.5  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 243 aa  43.5  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  25.85 
 
 		 259 aa  43.5  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  21.34 
 
 		 274 aa  42.7  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  21.62 
 
 		 272 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.05 
 
 		 265 aa  43.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  23.81 
 
 		 263 aa  43.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  21.34 
 
 		 274 aa  42.7  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 255 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 270 aa  42.7  0.006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  22.4 
 
 		 245 aa  42.4  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  22.77 
 
 		 260 aa  42.7  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  27.86 
 
 		 257 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 251 aa  42.4  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  22.42 
 
 		 273 aa  42.7  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  21.54 
 
 		 262 aa  42.4  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  21.08 
 
 		 272 aa  42.4  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  21.08 
 
 		 272 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4864  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 268 aa  42.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.950459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  20.99 
 
 		 274 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  23.94 
 
 		 250 aa  42  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  22.4 
 
 		 232 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 271 aa  42  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  20.35 
 
 		 252 aa  42  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>