More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1142 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 292 aa  607  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  99.32 
 
 		 292 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  88.66 
 
 		 291 aa  542  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  76.03 
 
 		 296 aa  471  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  68.6 
 
 		 285 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  68.18 
 
 		 285 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  68.6 
 
 		 285 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  68.6 
 
 		 285 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  59.85 
 
 		 284 aa  351  1e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  47.55 
 
 		 281 aa  258  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 		 584 aa  72  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.57 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  26.32 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  25.54 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.22 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4167  sodium/dicarboxylate symporter family protein  34.65 
 
 		 721 aa  62.4  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  24.6 
 
 		 312 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  25.76 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 238 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  23.19 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  34.07 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.74 
 
 		 1055 aa  60.1  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.02 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  21.01 
 
 		 259 aa  58.9  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  21.01 
 
 		 259 aa  58.9  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.14 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.44 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.64 
 
 		 1244 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  27 
 
 		 1245 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.46 
 
 		 1480 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.68 
 
 		 503 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0614  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.86 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.35 
 
 		 267 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  24.77 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  25.45 
 
 		 598 aa  55.8  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  24.11 
 
 		 590 aa  55.8  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  23.91 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  24 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  22.27 
 
 		 247 aa  55.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.95 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2737  arogenate dehydratase  27.68 
 
 		 256 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.23 
 
 		 245 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  38.55 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 245 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.92 
 
 		 513 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.62 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  24.12 
 
 		 596 aa  54.7  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.77 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  24 
 
 		 278 aa  54.7  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 279 aa  54.7  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 		 253 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.99 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1165 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  25.13 
 
 		 1245 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  21.83 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4150  extracellular solute-binding protein family 3  24.68 
 
 		 268 aa  53.5  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.81 
 
 		 489 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  22.81 
 
 		 489 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 255 aa  53.5  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 260 aa  53.5  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 		 246 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.11 
 
 		 604 aa  53.1  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 294 aa  52.8  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  22.17 
 
 		 255 aa  52.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 		 254 aa  52.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  23.33 
 
 		 714 aa  52.8  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 253 aa  52.8  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  22.33 
 
 		 253 aa  52.8  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.97 
 
 		 1490 aa  52.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  23.08 
 
 		 264 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  22.68 
 
 		 269 aa  52.4  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>