More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1070 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 281 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  48.31 
 
 		 291 aa  258  6e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  47.55 
 
 		 292 aa  258  9e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  47.94 
 
 		 292 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  47.17 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 285 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  44.03 
 
 		 285 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  44.03 
 
 		 285 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  43.62 
 
 		 285 aa  235  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  41.57 
 
 		 284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  36.63 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  35.63 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2184  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.15 
 
 		 584 aa  60.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 		 626 aa  59.7  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.15 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1582  protein of unknown function UPF0126  26.29 
 
 		 741 aa  58.9  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  26.07 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  31.19 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.71 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.07 
 
 		 253 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  31.25 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  26.32 
 
 		 598 aa  57  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 		 604 aa  56.6  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.77 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  31.07 
 
 		 469 aa  56.6  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  21.56 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  34.94 
 
 		 596 aa  56.2  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0300  extracellular solute-binding protein family 3  22.83 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000692776  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  33.7 
 
 		 618 aa  55.5  0.0000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  27.49 
 
 		 570 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  25.79 
 
 		 256 aa  54.3  0.000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 241 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  25.79 
 
 		 256 aa  54.3  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  25.99 
 
 		 608 aa  53.5  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.38 
 
 		 940 aa  53.9  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  24.89 
 
 		 260 aa  53.5  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0596  hypothetical protein  26.95 
 
 		 282 aa  53.1  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 275 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 246 aa  53.5  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  28.18 
 
 		 560 aa  53.5  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 1080 aa  53.1  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  29.38 
 
 		 312 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  21.55 
 
 		 259 aa  52.8  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  31.4 
 
 		 578 aa  52.8  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1196  amino acid-binding protein  25.16 
 
 		 256 aa  52.8  0.000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.166337  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.29 
 
 		 609 aa  52.4  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0909  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.35 
 
 		 1333 aa  52.4  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257325  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 261 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  22.5 
 
 		 632 aa  52.4  0.000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.03 
 
 		 513 aa  52.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 270 aa  52.4  0.000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 		 269 aa  52.4  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  32.18 
 
 		 648 aa  52  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.77 
 
 		 267 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  37.97 
 
 		 295 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  37.97 
 
 		 295 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 246 aa  52  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 253 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1094  hypothetical protein  24.35 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.396494 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  22.98 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 276 aa  50.8  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  28.1 
 
 		 572 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3629  hypothetical protein  23.3 
 
 		 281 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0535  hypothetical protein  28.87 
 
 		 282 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.62 
 
 		 230 aa  50.4  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1459  cytidine deaminase  32.85 
 
 		 396 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  27.55 
 
 		 468 aa  50.4  0.00003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0438  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  28.57 
 
 		 480 aa  50.4  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.126368  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 955 aa  50.1  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  27.16 
 
 		 572 aa  50.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  20.96 
 
 		 257 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  25.79 
 
 		 260 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  30.77 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0514  hypothetical protein  28.87 
 
 		 282 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 271 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  36 
 
 		 272 aa  49.7  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1508  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 257 aa  49.7  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118262  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.07 
 
 		 281 aa  49.7  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3803  hypothetical protein  28.87 
 
 		 282 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  23.01 
 
 		 242 aa  49.7  0.00005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  21.51 
 
 		 281 aa  50.1  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0540  hypothetical protein  28.87 
 
 		 282 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  30 
 
 		 575 aa  49.7  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  30.49 
 
 		 599 aa  49.3  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  26.03 
 
 		 282 aa  49.7  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.25 
 
 		 2654 aa  49.7  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  31.52 
 
 		 615 aa  49.3  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 273 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>