More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1025 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 281 aa  577  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 268 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4864  extracellular solute-binding protein  43.33 
 
 		 268 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.950459 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  43.39 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  43.03 
 
 		 273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1517  ABC transporter extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 		 275 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0341163  normal  0.209417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  36.43 
 
 		 268 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 277 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  30.55 
 
 		 267 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  31.71 
 
 		 278 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  32.65 
 
 		 271 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0691  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 265 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 266 aa  112  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  34.44 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  34.44 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  32.07 
 
 		 260 aa  109  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.56 
 
 		 281 aa  108  7.000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  31.27 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 273 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  35.29 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 246 aa  105  7e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 268 aa  105  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 		 279 aa  105  7e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 271 aa  105  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 275 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 269 aa  102  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 257 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  28.21 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  28.46 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  28.98 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 260 aa  98.6  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 258 aa  98.2  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 271 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 271 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 271 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  28.98 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 271 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 270 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 276 aa  97.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.42 
 
 		 284 aa  96.7  4e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 257 aa  96.3  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  28.83 
 
 		 278 aa  96.3  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.03 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 264 aa  95.9  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  28.63 
 
 		 286 aa  95.5  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  27.92 
 
 		 273 aa  95.5  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0925  extracellular solute-binding protein family 3  32.32 
 
 		 281 aa  94.7  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.796106 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  30.61 
 
 		 279 aa  95.1  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  30.2 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 261 aa  94  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.2 
 
 		 271 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 271 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 261 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 271 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2669  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 		 287 aa  93.6  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00514827  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  29.39 
 
 		 279 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  30.38 
 
 		 261 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  35.45 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.53 
 
 		 284 aa  93.2  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  32.02 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  29.32 
 
 		 267 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  26.56 
 
 		 280 aa  92.8  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.53 
 
 		 284 aa  92.4  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 284 aa  92.4  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31 
 
 		 257 aa  92.4  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31 
 
 		 257 aa  92.4  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  28.63 
 
 		 268 aa  92  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.8 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  29.02 
 
 		 268 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  30.27 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  30 
 
 		 261 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  28.41 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 		 260 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  24.53 
 
 		 278 aa  90.9  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.59 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 282 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1983  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.100881  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  29 
 
 		 278 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.12 
 
 		 267 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>