More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4667 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 269 aa  539  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  76.5 
 
 		 266 aa  368  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  47.72 
 
 		 266 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  45.38 
 
 		 267 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 		 265 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 263 aa  186  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  36 
 
 		 275 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 		 273 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  37.36 
 
 		 275 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  35.27 
 
 		 268 aa  165  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 		 266 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 		 274 aa  158  9e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 		 263 aa  155  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  36.25 
 
 		 267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  36.67 
 
 		 275 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 		 268 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  36.08 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.22 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  36.25 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  35.25 
 
 		 268 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  35.83 
 
 		 267 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.74 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  35.93 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  35.93 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  33.98 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  35.93 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 266 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  34.6 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  35.68 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.36 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  36.14 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 		 265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  34.02 
 
 		 254 aa  145  5e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  34.6 
 
 		 240 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 		 266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 265 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  35.74 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35 
 
 		 261 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 		 261 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.68 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  34.47 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  32.3 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  30.89 
 
 		 276 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 264 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.8 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  29.75 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  31.54 
 
 		 268 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.89 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.89 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  31.68 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  30.38 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.15 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  29.83 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  31.28 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  29.91 
 
 		 278 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.67 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 		 281 aa  105  7e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  28.36 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  27.99 
 
 		 268 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.58 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.58 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 250 aa  102  4e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 281 aa  102  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.59 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  29.81 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  33.76 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  30.08 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  33.73 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.08 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  33.73 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.08 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  30.08 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>