More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1029 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 265 aa  532  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  48.09 
 
 		 267 aa  222  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  45.26 
 
 		 266 aa  205  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 255 aa  205  8e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  41.15 
 
 		 275 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 		 269 aa  195  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 		 273 aa  195  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 		 266 aa  189  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  40.74 
 
 		 263 aa  189  5e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 		 268 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 		 265 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  39.83 
 
 		 268 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 		 275 aa  171  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  38.28 
 
 		 261 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  37.89 
 
 		 261 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  36.84 
 
 		 260 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  38.5 
 
 		 264 aa  165  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  34.69 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 		 263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  37.25 
 
 		 267 aa  161  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  35.88 
 
 		 260 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 266 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 265 aa  158  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  37.13 
 
 		 267 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  33.96 
 
 		 268 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 261 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 		 261 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 		 265 aa  152  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  34.36 
 
 		 266 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  37.73 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 		 268 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 		 268 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 		 247 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  33.84 
 
 		 274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  34.96 
 
 		 268 aa  145  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 		 269 aa  145  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 266 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.47 
 
 		 261 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.7 
 
 		 274 aa  142  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 274 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.89 
 
 		 267 aa  142  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  34.89 
 
 		 275 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  34.89 
 
 		 275 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  34.15 
 
 		 268 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  33.87 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.41 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.41 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 		 268 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 		 266 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.63 
 
 		 274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  32.91 
 
 		 240 aa  135  9e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  34 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  34.05 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  35.98 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  32.33 
 
 		 276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  32.14 
 
 		 265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  30.97 
 
 		 278 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.28 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3520  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0548658  normal  0.231474 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  32.34 
 
 		 247 aa  117  3e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  30.49 
 
 		 274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  34.98 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 271 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.74 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 267 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.74 
 
 		 271 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  35.04 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  33.05 
 
 		 281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  33.05 
 
 		 286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1497  extracellular solute-binding protein family 3  31.76 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  35.78 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  27.59 
 
 		 271 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 270 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 262 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  30.67 
 
 		 297 aa  106  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.09 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  34.15 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  34.15 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  29.72 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 323 aa  104  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  36.65 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 268 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>