More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4864 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4864  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 268 aa  550  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.950459 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  86.19 
 
 		 268 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  67.7 
 
 		 273 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  68.48 
 
 		 273 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1517  ABC transporter extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 275 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0341163  normal  0.209417 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  43.44 
 
 		 281 aa  206  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  33.85 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  34.23 
 
 		 261 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 268 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  33.75 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  32.45 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  33.73 
 
 		 268 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 271 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 		 275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 250 aa  112  9e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 261 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  32.84 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  28.93 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 		 265 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.64 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  30.95 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  34.3 
 
 		 271 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  32.1 
 
 		 278 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.67 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 		 260 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  29.1 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.7 
 
 		 267 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 265 aa  105  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  34.6 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.23 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0891  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 267 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  31.73 
 
 		 271 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  31.94 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 258 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 		 270 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 		 278 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.34 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  28.93 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  31.18 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 268 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 261 aa  99  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  28.51 
 
 		 275 aa  99  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.57 
 
 		 513 aa  99  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 276 aa  98.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  31.03 
 
 		 501 aa  98.2  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 		 271 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 289 aa  97.1  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  31.62 
 
 		 280 aa  97.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  32.88 
 
 		 266 aa  97.1  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.24 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.75 
 
 		 272 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  31.02 
 
 		 295 aa  96.3  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  32.5 
 
 		 271 aa  96.3  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  31.02 
 
 		 295 aa  96.3  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.24 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 		 271 aa  95.9  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.33 
 
 		 272 aa  95.9  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 263 aa  95.9  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  29.37 
 
 		 275 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  30.54 
 
 		 273 aa  95.5  9e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  28.74 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 269 aa  94.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  29.83 
 
 		 266 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.4 
 
 		 272 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 275 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>