More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3412 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 296 aa  615  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  78.01 
 
 		 291 aa  477  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  76.03 
 
 		 292 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  75.68 
 
 		 292 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  67.05 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  67.05 
 
 		 285 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  67.05 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 		 285 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  59.5 
 
 		 284 aa  354  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  47.17 
 
 		 281 aa  248  9e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 247 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0286  prephenate dehydratase  24.46 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.936099 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  25.82 
 
 		 312 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.94 
 
 		 584 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  25.22 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.66 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  30 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.75 
 
 		 513 aa  59.3  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  25 
 
 		 598 aa  58.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  25.88 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.11 
 
 		 604 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  22.36 
 
 		 468 aa  58.9  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  25.33 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 935 aa  57  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.77 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  23.45 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.11 
 
 		 253 aa  57  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 245 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0438  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  24.43 
 
 		 480 aa  56.6  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.126368  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  24.45 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  24.45 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.59 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  19.69 
 
 		 1055 aa  55.8  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0738  Prephenate dehydratase  24.12 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  24.89 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.67 
 
 		 748 aa  55.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  22.73 
 
 		 272 aa  55.5  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0691  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 277 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  25.71 
 
 		 247 aa  55.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2973  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.37 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  23.5 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.72 
 
 		 493 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.61 
 
 		 267 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  21.93 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3795  hypothetical protein  23.79 
 
 		 267 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 		 626 aa  53.9  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 		 254 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  23.57 
 
 		 608 aa  53.9  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  24.11 
 
 		 590 aa  53.5  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 264 aa  53.5  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.55 
 
 		 489 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4167  sodium/dicarboxylate symporter family protein  30.71 
 
 		 721 aa  53.1  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.58 
 
 		 245 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  21.55 
 
 		 489 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 261 aa  53.1  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  22.57 
 
 		 596 aa  53.1  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.32 
 
 		 609 aa  52.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  23.5 
 
 		 254 aa  53.1  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.35 
 
 		 1410 aa  52.8  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.55 
 
 		 489 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 286 aa  53.1  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 262 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 255 aa  52.8  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2578  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 267 aa  52.8  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 		 1247 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  24.02 
 
 		 264 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.31 
 
 		 262 aa  52.4  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  20.5 
 
 		 243 aa  52.4  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1928  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 278 aa  52.4  0.000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 279 aa  52.4  0.000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 270 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1803  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.363702  normal  0.037594 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  23.63 
 
 		 257 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  23.73 
 
 		 266 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4447  arogenate dehydratase  23.58 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.393788 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  21.05 
 
 		 285 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.33 
 
 		 1165 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 283 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  21.49 
 
 		 266 aa  50.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 		 269 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 281 aa  50.8  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>