More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2292 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 262 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  88.55 
 
 		 262 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  88.93 
 
 		 262 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  75.41 
 
 		 271 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  61.6 
 
 		 277 aa  343  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  54.17 
 
 		 282 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  52.65 
 
 		 282 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  42.86 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  41.83 
 
 		 267 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 275 aa  205  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  44.08 
 
 		 275 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  42.92 
 
 		 271 aa  191  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.17 
 
 		 273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  38.55 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  37.79 
 
 		 273 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  37.11 
 
 		 266 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 260 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  33.51 
 
 		 258 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  33.51 
 
 		 258 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  29.38 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 258 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 260 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  26.84 
 
 		 265 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 584 aa  79  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  29.07 
 
 		 597 aa  75.5  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  28.44 
 
 		 599 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  28.71 
 
 		 596 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  28.04 
 
 		 596 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  26.67 
 
 		 598 aa  68.6  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  26.9 
 
 		 608 aa  67  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 		 609 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  24.76 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.18 
 
 		 490 aa  65.5  0.0000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.12 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  28.27 
 
 		 575 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  25.97 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  33.71 
 
 		 830 aa  62  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2120  multisensor signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 		 682 aa  60.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  28.73 
 
 		 590 aa  60.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 780 aa  60.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.111266  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  26.1 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 604 aa  60.1  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 		 1055 aa  59.7  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  28.02 
 
 		 570 aa  60.1  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.94 
 
 		 620 aa  59.7  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  27.23 
 
 		 578 aa  59.3  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 261 aa  58.9  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  26.29 
 
 		 572 aa  58.9  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.83 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.89 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  24.77 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  27.75 
 
 		 578 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 261 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  27.47 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.89 
 
 		 255 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  26.48 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  27.59 
 
 		 572 aa  56.2  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  22.42 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 		 1251 aa  56.2  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  23.83 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.93 
 
 		 584 aa  55.8  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 292 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.78 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1728  histidine kinase  24.17 
 
 		 560 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  26.13 
 
 		 288 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0331  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.88 
 
 		 843 aa  55.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.58 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 270 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 285 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 285 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  33.33 
 
 		 278 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  27.22 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  24.85 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.64 
 
 		 946 aa  53.5  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>