80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4200 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  553  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  98.17 
 
 		 273 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  95.24 
 
 		 273 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  93.02 
 
 		 260 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  66.4 
 
 		 267 aa  345  6e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  63.35 
 
 		 275 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  61.35 
 
 		 275 aa  315  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  48.73 
 
 		 282 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  49.45 
 
 		 282 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  48.65 
 
 		 277 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  38.33 
 
 		 262 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  41.06 
 
 		 271 aa  172  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  39 
 
 		 262 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.05 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 275 aa  112  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.6 
 
 		 584 aa  63.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  25.7 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  27.73 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  23.73 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  26.82 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.51 
 
 		 604 aa  59.7  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  27.27 
 
 		 597 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  26.7 
 
 		 599 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  26.67 
 
 		 596 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  20.8 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.27 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0600  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35 
 
 		 285 aa  52.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0871722 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5146  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  33.87 
 
 		 276 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  21.81 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 		 284 aa  50.8  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  27.93 
 
 		 608 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  36.62 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  25.89 
 
 		 596 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.5 
 
 		 1047 aa  50.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 		 609 aa  50.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  23.01 
 
 		 255 aa  49.3  0.00007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  24.36 
 
 		 256 aa  49.3  0.00007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  23.83 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  26.2 
 
 		 598 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  28.91 
 
 		 247 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.59 
 
 		 1047 aa  46.6  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 250 aa  46.6  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  25.66 
 
 		 307 aa  46.2  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 		 291 aa  46.2  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  23.37 
 
 		 256 aa  46.2  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3213  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 722 aa  45.8  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.03 
 
 		 620 aa  45.8  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  21.05 
 
 		 483 aa  44.7  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.48 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 262 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2454  extracellular solute-binding protein family 3  21.13 
 
 		 292 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0384  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0825987 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0117  extracellular solute-binding protein family 3  24.23 
 
 		 292 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  25.5 
 
 		 255 aa  43.9  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  22.71 
 
 		 560 aa  43.9  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  26.7 
 
 		 830 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0207  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.6 
 
 		 260 aa  43.5  0.004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.670956  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32 
 
 		 272 aa  43.5  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.14 
 
 		 263 aa  42.7  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3001  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 725 aa  42.7  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.620966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  26.8 
 
 		 489 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.8 
 
 		 489 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.8 
 
 		 489 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.72 
 
 		 262 aa  42.4  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  24.73 
 
 		 570 aa  42.4  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 276 aa  42.4  0.009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  32.61 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.03 
 
 		 503 aa  42  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  25.68 
 
 		 255 aa  42  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>