68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3772 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  95.24 
 
 		 273 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  95.6 
 
 		 273 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  91.47 
 
 		 260 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  66.4 
 
 		 267 aa  346  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  62.15 
 
 		 275 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  60.96 
 
 		 275 aa  315  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  50.59 
 
 		 282 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  48 
 
 		 282 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  47.49 
 
 		 277 aa  241  9e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 262 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 271 aa  169  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  39.02 
 
 		 271 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  38.17 
 
 		 262 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.05 
 
 		 266 aa  122  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 275 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.3 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  26.82 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.27 
 
 		 584 aa  60.1  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  22.55 
 
 		 260 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.09 
 
 		 604 aa  59.3  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  25.91 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4984  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0182902 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  26.14 
 
 		 597 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 		 284 aa  54.3  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  20.65 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.26 
 
 		 1047 aa  53.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0600  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35 
 
 		 285 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0871722 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  25.57 
 
 		 599 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  25.3 
 
 		 596 aa  52.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  26.4 
 
 		 596 aa  52.4  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.53 
 
 		 264 aa  52.4  0.000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  35.44 
 
 		 285 aa  52.4  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 285 aa  52  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 285 aa  52  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 285 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5146  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 		 285 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  23.24 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  27.37 
 
 		 608 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.62 
 
 		 1047 aa  50.4  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  24.71 
 
 		 256 aa  49.7  0.00005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.26 
 
 		 609 aa  49.3  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 270 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  26.2 
 
 		 598 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  20.3 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 		 291 aa  47  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 250 aa  47  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 		 247 aa  46.2  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  20.09 
 
 		 483 aa  46.2  0.0006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  47.17 
 
 		 247 aa  45.4  0.0009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.79 
 
 		 620 aa  45.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9241  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.99 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6167  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 277 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  27.6 
 
 		 830 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6460  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 237 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112663  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.98 
 
 		 277 aa  43.5  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 		 296 aa  42.7  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 292 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 266 aa  42.4  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0117  extracellular solute-binding protein family 3  23.71 
 
 		 292 aa  42.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 292 aa  42.4  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.35 
 
 		 272 aa  42.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3213  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 722 aa  42  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.6 
 
 		 273 aa  42  0.01  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>