151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3729 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  100 
 
 		 260 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  97.31 
 
 		 260 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  91.8 
 
 		 258 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  63.89 
 
 		 258 aa  328  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  63.1 
 
 		 258 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  35.87 
 
 		 265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 266 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 258 aa  105  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  28.57 
 
 		 262 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 262 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 		 262 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  33.5 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 		 262 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 277 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  33.91 
 
 		 264 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 271 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 275 aa  86.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  27.23 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  27.66 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.48 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  29.02 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  30.14 
 
 		 297 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.94 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  29.81 
 
 		 298 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.85 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  28.93 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.17 
 
 		 264 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  24.06 
 
 		 275 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 267 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  24.04 
 
 		 275 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  25.91 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  28.37 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  23.17 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 269 aa  63.2  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  28.9 
 
 		 295 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.48 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  28.4 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  22.09 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.23 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  27.35 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.12 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3285  putative amino acid ABC transporter  24.7 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  25.67 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  25.37 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  22.9 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  22.84 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  26.94 
 
 		 255 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  23.48 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 935 aa  55.8  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  21.03 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  25.22 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  22.9 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 271 aa  55.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  27.06 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  27.06 
 
 		 264 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.89 
 
 		 277 aa  53.1  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  27.06 
 
 		 264 aa  53.1  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  23.36 
 
 		 257 aa  52.8  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.48 
 
 		 256 aa  52.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.38 
 
 		 247 aa  52.8  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  28.85 
 
 		 251 aa  52.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.61 
 
 		 264 aa  52.4  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  28.29 
 
 		 243 aa  52  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  23.74 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0820  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 252 aa  51.6  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  23.18 
 
 		 257 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.68 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 286 aa  50.4  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 265 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  27.85 
 
 		 239 aa  49.3  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  29.55 
 
 		 264 aa  48.9  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 270 aa  48.9  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1924  hypothetical protein  20.89 
 
 		 248 aa  48.5  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  24.18 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.76 
 
 		 258 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  26.12 
 
 		 257 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 251 aa  48.1  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 292 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0754  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.00633321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.88 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  24.88 
 
 		 245 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.75 
 
 		 1436 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.88 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 232 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  24.8 
 
 		 259 aa  46.6  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>