213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2837 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 271 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  75.83 
 
 		 262 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  73.97 
 
 		 262 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  73.97 
 
 		 262 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  59.77 
 
 		 277 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2252  hypothetical protein  53.18 
 
 		 282 aa  278  6e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26540  hypothetical protein  52.96 
 
 		 282 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.171066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 275 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1997  hypothetical protein  42.13 
 
 		 275 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321301  normal  0.0820439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2187  hypothetical protein  43.04 
 
 		 275 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4115  extracellular solute-binding protein  40.4 
 
 		 267 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1653  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.62 
 
 		 273 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4200  hypothetical protein  40 
 
 		 273 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3772  hypothetical protein  38.49 
 
 		 273 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15200  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 		 271 aa  175  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0330  amino acid ABC transporter periplasmic protein  38.82 
 
 		 266 aa  175  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3524  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 		 260 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  32 
 
 		 258 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  32 
 
 		 258 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 258 aa  89  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  29.38 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 260 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  23.23 
 
 		 265 aa  86.3  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 258 aa  86.3  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 266 aa  75.5  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  27.49 
 
 		 597 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  27.01 
 
 		 599 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  22.12 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  26.54 
 
 		 596 aa  65.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  27.32 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 		 584 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  26.7 
 
 		 596 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  26.02 
 
 		 608 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.02 
 
 		 609 aa  63.5  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  26.26 
 
 		 598 aa  60.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  25.77 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  26.97 
 
 		 590 aa  58.9  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.4 
 
 		 604 aa  57.4  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.29 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  26.02 
 
 		 572 aa  57.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.83 
 
 		 490 aa  57.4  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.98 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.38 
 
 		 1248 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.94 
 
 		 1244 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  25.99 
 
 		 572 aa  55.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 		 620 aa  54.7  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  23.32 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.19 
 
 		 1055 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 262 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  24.39 
 
 		 576 aa  53.5  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  27.88 
 
 		 1245 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  21.98 
 
 		 247 aa  53.9  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 266 aa  53.1  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24.21 
 
 		 245 aa  53.1  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.49 
 
 		 260 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 		 261 aa  53.1  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  26.79 
 
 		 2035 aa  53.1  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2732  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 247 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  32.73 
 
 		 570 aa  52.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.81 
 
 		 584 aa  52.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.48 
 
 		 2654 aa  52.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.6 
 
 		 1247 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  25.87 
 
 		 288 aa  52  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  29.21 
 
 		 830 aa  52  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  27.6 
 
 		 1247 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  27.33 
 
 		 295 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.6 
 
 		 1247 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2120  multisensor signal transduction histidine kinase  22.03 
 
 		 682 aa  50.8  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  31.01 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  28.9 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 259 aa  51.2  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.22 
 
 		 278 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 252 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.15 
 
 		 1247 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  23.96 
 
 		 565 aa  50.4  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.8 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.8 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.8 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  26.94 
 
 		 269 aa  50.1  0.00004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.8 
 
 		 259 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  26.94 
 
 		 1418 aa  50.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 291 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  23.56 
 
 		 575 aa  49.7  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>